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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003723

染色体: Chr04 坐标: 53571550-53574743 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003723
名称SmilChr04G003723
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53571550 - 53574743 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020600
GeneID131020600
locus_tag-
NCBI NameLOC131020600
原始查询SmilChr04G003723

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g44880-like
ArabidopsisAT4G02750 (AT4G02750)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828187]
identity=36.5; qcov=0.624; evalue=3.13e-136; confidence=medium
RiceOs12g0289800
-
identity=37.2; qcov=0.612; evalue=8.33e-141; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020600

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057805500.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057805500.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805500.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805500.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805500.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53571716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,B61,C67
Chr4:53571770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr4:53571849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr4:53571859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr4:53571875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B20,C20,C5
Chr4:53571927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:53572341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,C84
Chr4:53572371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:53572422 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C47
Chr4:53573169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr4:53573541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B48
Chr4:53573748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805500.1
1015 aa
N
1
508
1015
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 156-181 aa PF01535 PPR 185-211 aa PF01535 PPR 221-244 aa PF01535 PPR 253-280 aa PF01535 PPR 282-311 aa PF01535 PPR 314-342 aa PF01535 PPR 344-374 aa PF13041 PPR_2 372-405 aa PF01535 PPR 376-405 aa PF13041 PPR_2 403-436 aa PF01535 PPR 406-435 aa PF01535 PPR 437-467 aa PF01535 PPR 468-496 aa PF01535 PPR 499-528 aa PF01535 PPR 530-559 aa PF01535 PPR 561-591 aa PF01535 PPR 592-621 aa PF01535 PPR 623-652 aa PF01535 PPR 654-683 aa PF01535 PPR 685-713 aa PF01535 PPR 717-740 aa PF01535 PPR 790-814 aa PF13041 PPR_2 816-862 aa PF13812 PPR_3 816-862 aa PF01535 PPR 818-848 aa PF01535 PPR 854-883 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 156 181 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 185 211 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 244 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 253 280 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 311 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 342 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 344 374 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 372 405 7.2e-145 471.8 PPR repeat family
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 376 405 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 403 436 7.2e-145 471.8 PPR repeat family
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 406 435 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 437 467 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 468 496 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 499 528 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 530 559 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 561 591 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 592 621 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 623 652 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 654 683 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 685 713 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 717 740 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 790 814 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 816 862 7.2e-145 471.8 PPR repeat family
XP_057805500.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 816 862 1.5e-33 115.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 818 848 5.8e-162 515.9 PPR repeat
XP_057805500.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 854 883 5.8e-162 515.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949517.1
TATTAGATATAAAAACTTGAAAAATGCAAACATAATGCGGTAAATAAAATTCCACTCCAATTTAAAATGTAACACAGTTGAGAATGGAAGCGAGTTGGACATCTCCATGGGGCCCGAGAGAGAGACAGTGTTTCTTCCTCCTTCAAAGGAAAACCCACCGCATGGCCACCCTCCTCCAAATCCACGCCTTCATGCTCCGCCACGCCCTCGAAACCAACCTCAACCTCGTCACCATGTTCATCACCAACCTCTCGTCAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020600
ATGGAAGCGAGTTGGACATCTCCATGGGGCCCGAGAGAGAGACAGTGTTTCTTCCTCCTTCAAAGGAAAACCCACCGCATGGCCACCCTCCTCCAAATCCACGCCTTCATGCTCCGCCACGCCCTCGAAACCAACCTCAACCTCGTCACCATGTTCATCACCAACCTCTCGTCAGCTGACCCGCGCAGCGGCACTCGCCATGCGCGCCAACTGTTCGATCAAATGCCTCAACAGCCCGATGTCCCCCTATGCAACGCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805500.1
MEASWTSPWGPRERQCFFLLQRKTHRMATLLQIHAFMLRHALETNLNLVTMFITNLSSADPRSGTRHARQLFDQMPQQPDVPLCNAMMKSHLSSRQFSEAIHLYGCLRREEAFVPDNYTFTILTKCCRLSSSTWEGMEVHAHVLRYGFDSNLYVANALVDMYGKMGQMGFARKVFDEMTERSSASWNALMSGYIRGGLMGAAEGLLDVMVSMPEAEKDLLSWKLMIDVFVKSGKMAPAEMLFYSAPEKDVELWNTLIGGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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