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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003725

染色体: Chr04 坐标: 53580369-53590344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003725
名称SmilChr04G003725
描述protein ARABIDILLO 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53580369 - 53590344 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020602
GeneID131020602
locus_tag-
NCBI NameLOC131020602
原始查询SmilChr04G003725

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ARABIDILLO 1-like
产物protein ARABIDILLO 1-like
ArabidopsisAT2G44900 (ARABIDILLO-1)
ARABIDILLO-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819099]
identity=67.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0563200
-
identity=72.5; qcov=0.632; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00514 (Arm); PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057805504.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057805504.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057805504.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057805504.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805504.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53581352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,D9
Chr4:53581395 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 15 A15,A18,B126,B132,B31,B5,B7,B80,C32,C38,C46,C47,C61,C68,C84
Chr4:53581453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:53581572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B118,B123,B134
Chr4:53581578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr4:53581627 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A13,A15,A25,B103,B136,B138,B139,B34,B86,C28,C31,C85
Chr4:53581768 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B130
Chr4:53581768 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B130
Chr4:53581780 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A15,A23,A25,B103,B136,B138,B139,B34,B86,C28,C31,C7,C85,D11
Chr4:53581791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr4:53581792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:53581873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805504.1
915 aa
N
1
458
915
F-box
F-box-like
Arm
Arm
Arm
Arm
Arm
C
PF00646 F-box 37-77 aa PF12937 F-box-like 37-83 aa PF00514 Arm 457-494 aa PF00514 Arm 498-541 aa PF00514 Arm 543-583 aa PF00514 Arm 596-627 aa PF00514 Arm 674-712 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805504.1 Pfam PF00646 F-box Domain 37 77 2.1e-06 28.1 F-box domain
XP_057805504.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 37 83 6.9e-08 32.8 F-box-like
XP_057805504.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 457 494 5.5e-62 204.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057805504.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 498 541 5.5e-62 204.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057805504.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 543 583 5.5e-62 204.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057805504.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 596 627 5.5e-62 204.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057805504.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 674 712 5.5e-62 204.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949521.1
TGATATCTTTACACACACCGGCATTACATTAATCTCCTCTGTGAATGAATGCCACCTCAAAAGATAAAATTTATTTTCATTTCATCGCCTCTGGTTTTAGATTTTCCACAATCGAAACGCACAATCGAGAGAGAGAGCGAGAGCTGACCAAGTGGTCTGAGGCTTCGTCTTTGCTTTTTCTCACATCTTTGATGTAGCACTAGCTGAATTATCTCATACCCTCAGCCCATTTTGTCTTTCTCTCTCTATGTGTGTATATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020602
ATGAGTAGAAGAGTGCGGAGGAAGGTTGTGAGGAGGGGCAAAGAGAAAGTGGATCTCCCTGAGATTGAAGAAACTAACGACTTTGGTGTCAAGGAGGTGCTTGATTGGACTAGATTACCTGATGATACAGTAATTCAGCTTTTCTCATGCTTGAACTATCGTGACCGGGCTAGTTTGTCATCAACCTGCCGGACATGGTGGATCCTTGGTAAATCTCCATGTTTGTGGCAGGAATTGGACCTCCGGCCGCATAAGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805504.1
MSRRVRRKVVRRGKEKVDLPEIEETNDFGXVKEVLDWTRLPDDTVIQLFSCLNYRDRASLSSTCRTWWILGKSPCLWQELDLRPHKFDSAAASSLSPMCVNLQKLRFRGPESADAIIALQAKNLREINGDYCRSMTDATLCVLAARHEALECIQIGPDFCEKISSDAVKAIAICCPRLRKLGISGIQEVDAGAINALAKHCQNLTDIGFIDCRKVDETSLGNVASLRFLSVAGTTNIKWNLVAQHWGKLPHLIGLDVSRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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