当前解析结果
SmilChr04G003744| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003744 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003744 |
| 描述 | transcription factor UNE10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 53734711 - 53740061 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020623 |
|---|---|
| GeneID | 131020623 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020623 |
| 原始查询 | SmilChr04G003744 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor UNE10-like |
| 产物 | transcription factor UNE10-like |
| Arabidopsis | AT4G00050 (UNE10)basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828175] identity=48.6; qcov=0.979; evalue=2.25e-83; confidence=high |
| Rice | Os10g0556200 (OsbHLH113)- identity=34.4; qcov=1.05; evalue=1.05e-35; confidence=low |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0046983 (protein dimerization activity) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00010 (HLH) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020623 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805536.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805536.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805536.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805536.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057805536.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:53735586 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr4:53735653 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B10,B85,C30 |
Chr4:53735728 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C86 |
Chr4:53735752 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr4:53735869 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B57,D2 |
Chr4:53738563 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr4:53739266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr4:53739289 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B61 |
Chr4:53739289 |
TCC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr4:53739294 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr4:53739323 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,B133,B91,C38,C60 |
Chr4:53739416 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805536.1PF00010
HLH 252-297 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805536.1 |
Pfam | PF00010 |
HLH | Domain | 252 | 297 | 9.9e-15 | 54.8 | Helix-loop-helix DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。