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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003751

染色体: Chr04 坐标: 53789656-53793462 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003751
名称SmilChr04G003751
描述uncharacterized SmilChr04G003751
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53789656 - 53793462 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020633
GeneID131020633
locus_tag-
NCBI NameLOC131020633
原始查询SmilChr04G003751

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0534300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os04g0534300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G73440 (AT1G73440)
calmodulin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843678]
identity=41.4; qcov=0.878; evalue=7.54e-45; confidence=medium
RiceOs04g0534300
-
identity=36.7; qcov=1.01; evalue=6.86e-45; confidence=medium
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG-
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020633

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805556.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805556.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805556.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805556.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057805556.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53791199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C36,C47
Chr4:53791272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:53791273 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B8
Chr4:53791273 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B8
Chr4:53791327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C82
Chr4:53793114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B53,C42
Chr4:53793160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:53793184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr4:53793203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805556.1
279 aa
N
1
140
279
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF13499 EF-hand_7 210-269 aa PF13833 EF-hand_8 242-272 aa PF00036 EF-hand_1 245-270 aa PF13202 EF-hand_5 246-269 aa
XP_057805557.1
279 aa
N
1
140
279
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF13499 EF-hand_7 210-269 aa PF13833 EF-hand_8 242-272 aa PF00036 EF-hand_1 245-270 aa PF13202 EF-hand_5 246-269 aa
XP_057805558.1
278 aa
N
1
139
278
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF13499 EF-hand_7 209-268 aa PF13833 EF-hand_8 241-271 aa PF00036 EF-hand_1 244-269 aa PF13202 EF-hand_5 245-268 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805556.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 210 269 1.7e-10 41.8 EF-hand domain pair
XP_057805556.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 242 272 7.9e-09 35.8 EF-hand domain pair
XP_057805556.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 245 270 5.2e-08 32.6 EF hand domain
XP_057805556.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 246 269 4.8e-06 26.5 EF hand
XP_057805557.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 210 269 1.7e-10 41.8 EF-hand domain pair
XP_057805557.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 242 272 7.9e-09 35.8 EF-hand domain pair
XP_057805557.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 245 270 5.2e-08 32.6 EF hand domain
XP_057805557.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 246 269 4.8e-06 26.5 EF hand
XP_057805558.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 209 268 1.7e-10 41.8 EF-hand domain pair
XP_057805558.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 241 271 9.3e-09 35.6 EF-hand domain pair
XP_057805558.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 244 269 5.2e-08 32.6 EF hand domain
XP_057805558.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 245 268 4.8e-06 26.5 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949575.1
AACAATAACTTATCCAAAATGGTTAGAAAATTTATGATGAACAAAAAACACTTATACAAAACTCCCGCCTTTCTGTTTCTTCATTCCAGTAAACAAAACCCTAAATCACTAACAATTGCAAATTGCAATCCCATCACACAATAATCCAAATTCCAATTCAGGAAAATGCCAAAATCCAAATTACCAGAGTCGGAATCCGAAGATAAAGTTTCGACGGAGGAGGAAACCGATGATGAAACGGCGGACGAAAAAGGCACACC...
XM_057949574.1
ACAATAACTTATCCAAAATGGTTAGAAAATTTATGATGAACAAAAAACACTTATACAAAACTCCCGCCTTTCTGTTTCTTCATTCCAGTAAACAAAACCCTAAATCACTAACAATTGCAAATTGCAATCCCATCACACAATAATCCAAATTCCAATTCAGGAAAATGCCAAAATCCAAATTACCAGAGTCGGAATCCGAAGATAAAGTTTCGACGGAGGAGGAAACCGATGATGAAACGGCGGACGAAAAAGGCACACCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020633
ATGCCAAAATCCAAATTACCAGAGTCGGAATCCGAAGATAAAGTTTCGACGGAGGAGGAAACCGATGATGAAACGGCGGACGAAAAAGGCACACCTTTAGGTCAGGAGAAAATGTCAAACTATGAAAAGCAGAGATTGCAGAGAATTGAAGAGAATAATAGAAGAATGGAGGCTCTGGGGCTGCGTAAAATGGCAAGTAATTTCACGGGATCTGTTCTAAAAACCCAGAAGAAGAATAACGATAAAAAGGGTAGTAAGAA...
LOC131020633
ATGCCAAAATCCAAATTACCAGAGTCGGAATCCGAAGATAAAGTTTCGACGGAGGAGGAAACCGATGATGAAACGGCGGACGAAAAAGGCACACCTTTAGGTCAGGAGAAAATGTCAAACTATGAAAAGCAGAGATTGCAGAGAATTGAAGAGAATAATAGAAGAATGGAGGCTCTGGGGCTGCGTAAAATGGCAAGTAATTTCACGGGATCTGTTCTAAAAACCCAGAAGAAGAATAACGATAAAAAGGGTAGTAAGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805556.1
MPKSKLPESESEDKVSTEEETDDETADEKGTPLGQEKMSNYEKQRLQRIEENNRRMEALGLRKMASNFTGSVLKTQKKNNDKKGSKKIVDEDEEYNPTQEDDEMSCSEDEDEDDEEFSPSKKTKIKKNSTTPKKRGPINPDTDFVDDEDALMQAIALSLQDTETFDAHVMNPAPSANDKRKENPSVQDGSGKKGRNPKKTSRVQMNEDEMLIHFFQFDESGKGTLTLRDVQRLAATHDFTWSEKEIADMIYCFDSDGDGK...
XP_057805557.1
MPKSKLPESESEDKVSTEEETDDETADEKGTPLGQEKMSNYEKQRLQRIEENNRRMEALGLRKMASNFTGSVLKTQKKNNDKKGSKKIVDEDEEYNPTQEDDEMSCSEDEDEDDEEFSPSKKTKIKKNSTTPKKRGPINPDTDFVDDEDALMQAIALSLQDTETFDAHVMNPAPSANDKRKENPSVQDGSGKKGRNPKKTSRVQMNEDEMLIHFFQFDESGKGTLTLRDVQRLAATHDFTWSEKEIADMIYCFDSDGDGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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