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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003766

染色体: Chr04 坐标: 53895436-53896342 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003766
名称SmilChr04G003766
描述pectinesterase inhibitor 11-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向53895436 - 53896342 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020641
GeneID131020641
locus_tag-
NCBI NameLOC131020641
原始查询SmilChr04G003766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pectinesterase inhibitor 11-like
产物pectinesterase inhibitor 11-like
ArabidopsisAT3G47380 (AT3G47380)
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823892]
identity=38.8; qcov=0.947; evalue=2.9e-42; confidence=medium
RiceOs06g0711800
-
identity=36.5; qcov=0.807; evalue=7.17e-29; confidence=medium
GOGO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity)
KEGG-
PfamPF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057805569.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057805569.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805569.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805569.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805569.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:53895523 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B109
Chr4:53895523 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B109
Chr4:53895553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,D8
Chr4:53895559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr4:53895563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C64,C66,C86
Chr4:53895590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B54,B69
Chr4:53895597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr4:53895620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B58,C2,C4
Chr4:53895659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr4:53895682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:53895919 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 39 A16,A22,A23,A25,B105,B109,B11,B119,B121,B126,B130,B134,B15,B22,B30,B34,B45,B50,B53,B63,B80,B82,B86,C12,C24,C29,C39,C4,C44,C49,C51,C52,C63,C75,C76,C77,C81,C85,C9
Chr4:53896042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805569.1
207 aa
N
1
104
207
PMEI
C
PF04043 PMEI 33-192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805569.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 33 192 3.8e-32 112.3 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949586.1
AAACACAAACATCTCCAAACTAGTCATCGTATCGCCTCCAAACACTTTGACATCTTATAAACAGATAGATAGCTCAACAACAATGAGACTCTCTCTCTTATTTCTCTCTCTACTCCTGATCGCCTCCGCGGAGGCCCGGCACCCGGCCGCCGTCCGCAGACGCTCCCGGGCCCGGGCCTTCATCGAGCAGCAATGCGAGAAGACGCTATACCCCGATCTATGCGTCCGCTACCTCTCGTGCCACGTGGGCAACTTCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020641
ATGAGACTCTCTCTCTTATTTCTCTCTCTACTCCTGATCGCCTCCGCGGAGGCCCGGCACCCGGCCGCCGTCCGCAGACGCTCCCGGGCCCGGGCCTTCATCGAGCAGCAATGCGAGAAGACGCTATACCCCGATCTATGCGTCCGCTACCTCTCGTGCCACGTGGGCAACTTCACGACAACGCTGAGTCACCAAAGACTGGCCCAGATCGCGCTCAAGGTGAGCCTCGAGCGGGCCGAGTCGACCCGGGCCTACGTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805569.1
MRLSLLFLSLLLIASAEARHPAAVRRRSRARAFIEQQCEKTLYPDLCVRYLSCHVGNFTTTLSHQRLAQIALKVSLERAESTRAYVSEVARELKLRKAKHYQEIRDCLDQINDGVAQLSNCIKETEMIKENGGSSDFPWHASNVKTWMSAALSDASMCIYGFSGRVIAGKTKAMIKAKVLNLEQTTSISLALFNRFAARYKASHHQP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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