Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003786

染色体: Chr04 坐标: 54017042-54019810 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003786
名称SmilChr04G003786
描述protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54017042 - 54019810 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020682
GeneID131020682
locus_tag-
NCBI NameLOC131020682
原始查询SmilChr04G003786

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6-like
产物protein DOWNY MILDEW RESISTANCE 6-like
ArabidopsisAT5G24530 (DMR6)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832524]
identity=65.5; qcov=1.02; evalue=1.8e-168; confidence=high
RiceOs03g0122300 (FLS)
-
identity=60.1; qcov=1.01; evalue=1.65e-156; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805641.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805641.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805641.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805641.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805641.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54017187 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B90,B92,C42
Chr4:54017187 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 3 B90,B92,C42
Chr4:54017190 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 6 B123,B14,B41,C54,C58,C62
Chr4:54017237 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B49,C8
Chr4:54017237 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B49,C8
Chr4:54017798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,D11
Chr4:54018036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B97
Chr4:54018059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B76
Chr4:54018113 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 47 A20,A22,A23,B100,B104,B107,B11,B114,B127,B13,B132,B136,B137,B139,B140,B15,B19,B23,B27,B34,B40,B44,B5,B59,B60,B64,B66,B68,B71,B76,B78,B8,B89,B9,B97,B98,C1,C20,C22,C37,C45,C53,C55,C58,C67,C70,C74
Chr4:54018116 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 46 A20,A22,A23,B100,B104,B107,B11,B114,B127,B13,B132,B136,B137,B139,B140,B15,B19,B23,B27,B34,B40,B44,B5,B59,B60,B64,B66,B68,B71,B76,B78,B8,B89,B9,B97,B98,C1,C20,C37,C45,C53,C55,C58,C67,C70,C74
Chr4:54018119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:54018122 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 47 A20,A22,A23,B100,B104,B107,B11,B114,B127,B13,B132,B137,B139,B140,B15,B19,B23,B27,B34,B40,B44,B5,B59,B60,B64,B66,B68,B71,B76,B78,B8,B89,B9,B97,B98,C1,C20,C22,C37,C45,C53,C55,C58,C67,C70,D11,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805641.1
383 aa
N
1
192
383
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 86-191 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 240-337 aa
XP_057805642.1
379 aa
N
1
190
379
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 82-187 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 236-333 aa
XP_057805643.1
378 aa
N
1
189
378
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 81-186 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 235-332 aa
XP_057805644.1
334 aa
N
1
167
334
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 37-142 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 191-288 aa
XP_057805645.1
334 aa
N
1
167
334
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 37-142 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 191-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805641.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 86 191 4.5e-27 95.8 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057805641.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 240 337 1.3e-33 116.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057805642.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 82 187 4.4e-27 95.8 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057805642.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 236 333 1.3e-33 116.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057805643.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 81 186 4.4e-27 95.8 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057805643.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 235 332 1.3e-33 116.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057805644.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 37 142 3.5e-27 96.1 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057805644.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 191 288 9.9e-34 116.4 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057805645.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 37 142 3.5e-27 96.1 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057805645.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 191 288 9.9e-34 116.4 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949658.1
AACTCCCTCCATCTTCAAACAGTGCTCGTATTTTTTTAAGAAACGAGTTTTAATAATATTAATCGAGTTTATTTTATGTATTTTATCTTTGGAGTATCATTTTCTGCGCCTCGTCTATTTAAATGGGTTGGAGGCCACTTGCGTTTTCATGTGCAATTGAGTGTAGAATGCAATACAAAAGAGCAGCAGCAGCAGGTTTCACTATCGATCGGTTTGATTTCCATGGCTACTAAGATCATTAGCGGCACCCGATTCTCGAG...
XM_057949659.1
TAAGAAACGAGTTTTAATAATATTAATCGAGTTTATTTTATGTATTTTATCTTTGGAGTATCATTTTCTGCGCCTCGTCTATTTAAATGGGTTGGAGGCCACTTGCGTTTTCATGTGCAATTGAGTGTAGAATGCAATACAAAAGAGCAGCAGCAGCAGATCGGTTTGATTTCCATGGCTACTAAGATCATTAGCGGCACCCGATTCTCGAGCCTCCCCGCGAGCTATATCCGCGGCGAATCGGATAGGCCAAATCTGAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131020682
ATGTATTTTATCTTTGGAGTATCATTTTCTGCGCCTCGTCTATTTAAATGGGTTGGAGGCCACTTGCGTTTTCATGTGCAATTGAGTGTAGAATGCAATACAAAAGAGCAGCAGCAGCAGGTTTCACTATCGATCGGTTTGATTTCCATGGCTACTAAGATCATTAGCGGCACCCGATTCTCGAGCCTCCCCGCGAGCTATATCCGCGGCGAATCGGATAGGCCAAATCTGAGCCAAGTAGATGTGTTGGATAACATTCC...
LOC131020682
ATGTATTTTATCTTTGGAGTATCATTTTCTGCGCCTCGTCTATTTAAATGGGTTGGAGGCCACTTGCGTTTTCATGTGCAATTGAGTGTAGAATGCAATACAAAAGAGCAGCAGCAGCAGATCGGTTTGATTTCCATGGCTACTAAGATCATTAGCGGCACCCGATTCTCGAGCCTCCCCGCGAGCTATATCCGCGGCGAATCGGATAGGCCAAATCTGAGCCAAGTAGATGTGTTGGATAACATTCCTCTCATCGATCT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057805641.1
MYFIFGVSFSAPRLFKWVGGHLRFHVQLSVECNTKEQQQQVSLSIGLISMATKIISGTRFSSLPASYIRGESDRPNLSQVDVLDNIPLIDLSCEDRSLVIDQIGRACRDYGFFQVINHGVSKEAVNRILATSHEFFGLSVEDKMKLYSDDPSRTMRLSSSFNVSKETVHNWRDYLRLHCYPLDRYVPEWPTAPSSFKEVVSGYCREIRELGLRLEEAISESLGLEKECLKKILGGEEQGQHMALNYYPACPEPELTYGLP...
XP_057805642.1
MYFIFGVSFSAPRLFKWVGGHLRFHVQLSVECNTKEQQQQIGLISMATKIISGTRFSSLPASYIRGESDRPNLSQVDVLDNIPLIDLSCEDRSLVIDQIGRACRDYGFFQVINHGVSKEAVNRILATSHEFFGLSVEDKMKLYSDDPSRTMRLSSSFNVSKETVHNWRDYLRLHCYPLDRYVPEWPTAPSSFKEVVSGYCREIRELGLRLEEAISESLGLEKECLKKILGGEEQGQHMALNYYPACPEPELTYGLPAHTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器