Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003798`

染色体: Chr04 坐标: 54169423-54171061 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003798`
名称	SmilChr04G003798
描述	AT-hook motif nuclear-localized protein 24-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54169423 - 54171061 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020702`
GeneID	`131020702`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020702`
原始查询	`SmilChr04G003798`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT-hook motif nuclear-localized protein 24-like
产物	AT-hook motif nuclear-localized protein 24-like
Arabidopsis	`AT2G45430` (AHL22) AT-hook motif nuclear-localized protein 22 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819151] identity=57; qcov=1.08; evalue=1.08e-84; confidence=high
Rice	`Os02g0448000` - identity=56.4; qcov=0.993; evalue=1.11e-82; confidence=high
GO	GO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0010228 (vegetative to reproductive phase transition of meristem)
KEGG	-
Pfam	PF03479 (PCC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805672.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805672.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805672.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805672.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057805672.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54170179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C4
`Chr4:54170422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B81,B86
`Chr4:54170470`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B136,B55,C10,D3
`Chr4:54170569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr4:54170797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805672.1

300 aa

150

300

PCC

PF03479 PCC 109-226 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805672.1`	Pfam	`PF03479`	PCC	Domain	109	226	5.5e-33	114.3	Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949689.1
AAAATGAAGAGGGTTTTAGAGACAAAGGAGAGAGAAATGTGGGCCCCATCGCCACCGCCCATGGGCACCCCCTCACCGCACCACCACCATCATTCCCAATCCTTTGACCTAACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCCAAATACCAATACTTACCTAGCTAGCCCCCCCCCCCAACACATAAACATAATCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGCTCTCTCTCTCTAAATTAAGGAAACTGATTGATGTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020702
ATGGATCAACTAGCTCACGGCCGCCCTCTGCCGCCGCCGTTCCACGCGAGAGATCTCCAGCTCCACCACCACCACCACCAGTTCCAGCAGCACCCCAACCCCGACGACGAGCAGAGCGGCAACAACAACAACAACAACAACCACTCATCCCTCAGCCTAAAGCGCGACCGCGACGAGAGCTACGGCATGAACGCGGCCAACTCGGACGGCAAGGACGACGCGGCGGCGCCCGCGACGAGCGACCAGGGCGAGGTGTCGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805672.1
MDQLAHGRPLPPPFHARDLQLHHHHHQFQQHPNPDDEQSGNNNNNNNHSSLSLKRDRDESYGMNAANSDGKDDAAAPATSDQGEVSRRPRGRPAGSKNKPKPPIIITRDSANALRSHVMEIAGGCDIQESISTFATRRQRGVCILSGSGTVTNVTLRQPAAPTSVLTLHGRFEILSLSGSFLPPPAPPAASGLAIYLAGSQGQVVGGTVVGPLLASGPVVIMAASFGNAAYERLPLEDEESAAAPVGSGGGGGQLGSPGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器