Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003799

染色体: Chr04 坐标: 54176644-54180166 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003799
名称SmilChr04G003799
描述cytochrome P450 704C1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54176644 - 54180166 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020669
GeneID131020669
locus_tag-
NCBI NameLOC131020669
原始查询SmilChr04G003799

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 704C1-like
产物cytochrome P450 704C1-like
ArabidopsisAT2G45510 (CYP704A2)
cytochrome P450, family 704, subfamily A, polypeptide 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819159]
identity=50.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0524700
-
identity=54.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057805624.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057805624.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805624.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805624.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805624.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54176818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B138
Chr4:54176828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr4:54176836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:54176869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B138
Chr4:54176965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr4:54176991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:54178466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:54178469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C27,C69
Chr4:54178622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr4:54178635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B29,B54
Chr4:54178639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B88
Chr4:54178640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805624.1
494 aa
N
1
247
494
p450
C
PF00067 p450 35-469 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805624.1 Pfam PF00067 p450 Domain 35 469 4.3e-72 244.1 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949641.1
ACTAAAAATGGCAACAATAAATTGACAAATGGTGAGTTGATGACTTCACATCGCTGCTTATAAAGAAACAAGTAACAAAACACTCCACCTCCAAACTCTCTCAATCTTAGCAAAATATTCTTCACTTTCTAAAAGGATATGAACTTGAAGGCTTTGGCCTTATCGATCGTCGCCGCGATCTCCTCGATCGCGGCGGCCGGGTTGATTATAGTTGCTCGAAAATACGACAAGAGAAGATATCATCCGATCGCCGGCAGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020669
ATGAACTTGAAGGCTTTGGCCTTATCGATCGTCGCCGCGATCTCCTCGATCGCGGCGGCCGGGTTGATTATAGTTGCTCGAAAATACGACAAGAGAAGATATCATCCGATCGCCGGCAGCATCTTGGACCAGCTGCTCAACTTCGGCAGACTTCACGACTACATGACCCAACTCGCCGCCCGCCACAAGACTTACCGGCTCATCGCCCCGTCGCGAAGCGAGGTTTACACGTCGGATCCGGCCAACGTCGAGTACATACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805624.1
MNLKALALSIVAAISSIAAAGLIIVARKYDKRRYHPIAGSILDQLLNFGRLHDYMTQLAARHKTYRLIAPSRSEVYTSDPANVEYILKTNFQNYAKGWHNHSILKDLLGDGIFTVDGEKWRQQRKVSSHEFSARALRDASALVFKENAVKLAAVVSESAVSGQPIDIQDLFMRSTLDSIFRVAFGSDLDCTSGTNEEGARFGRAFDAASEITAWRYVDVLWRIKKALNLGLEARLKDHVRAVDEFVYKLIDTKIAHSEHY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器