Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003812`

染色体: Chr04 坐标: 54272438-54274329 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003812`
名称	SmilChr04G003812
描述	F-box protein PP2-A13-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54272438 - 54274329 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020709`
GeneID	`131020709`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020709`
原始查询	`SmilChr04G003812`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein PP2-A13-like
产物	F-box protein PP2-A13-like
Arabidopsis	`AT3G61060` (PP2-A13) phloem protein 2-A13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825278] identity=53.8; qcov=1.06; evalue=2.26e-106; confidence=high
Rice	`Os04g0571300` (OsFbox228) - identity=54.1; qcov=1.07; evalue=6.17e-103; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like); PF14299 (PP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020709

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805683.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805683.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057805683.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805683.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805683.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54272511`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	118	A1,A10,A13,A14,A15,A18,A2,A20,A25,A6,B1,B100,B102,B106,B108,B109,B11,B110,B115,B117,B12,B121,B123,B128,B130,B133,B14,B15,B16,B2,B21,B24,B3,B30,B31,B34,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B48,B5,B50,B51,B53,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B77,B79,B80,B88,B9,B90,B91,B92,B98,C1,C12,C13,C15,C20,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C3,C34,C35,C39,C4,C41,C42,C44,C45,C47,C49,C5,C52,C53,C56,C58,C61,C63,C65,C67,C69,C72,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C84,C86,D10,D2,D3,D4,D5,D8
`Chr4:54272517`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	120	A1,A10,A13,A14,A15,A18,A2,A20,A25,A6,B1,B100,B102,B106,B108,B109,B11,B110,B115,B117,B12,B121,B123,B128,B130,B133,B14,B15,B16,B2,B21,B24,B26,B3,B30,B31,B34,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B48,B5,B50,B51,B53,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B77,B79,B80,B88,B9,B90,B91,B92,B94,B98,C1,C12,C13,C15,C20,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C3,C34,C35,C39,C4,C41,C42,C44,C45,C47,C49,C5,C52,C53,C56,C58,C61,C63,C65,C67,C69,C72,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C84,C86,D10,D2,D3,D4,D5,D8
`Chr4:54272752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr4:54272912`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:54272928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr4:54272931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:54273322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B24,B29,B54
`Chr4:54273352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:54273604`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A18,B11,B113,B50,B53,B86,C29,C31,C39,C51,C75,C77,C81,C85,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805683.1

272 aa

136

272

F-box

F-box-like

PP2

PF00646 F-box 15-55 aa PF12937 F-box-like 15-55 aa PF14299 PP2 109-261 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805683.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	15	55	0.0002	21.9	F-box domain
`XP_057805683.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	15	55	4.5e-06	27.1	F-box-like
`XP_057805683.1`	Pfam	`PF14299`	PP2	Family	109	261	1.8e-39	135.8	Phloem protein 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009100736.1
GATCCTTCCCTTCCCATCACCTCTCTTTCTACAGCCCTTTTCTCTCACCGGAAAATGGGAGCCAACGCCTCTTCTATCTCGCTACAGCGGACCGAGCTCGACGACATACCGGAATCCTGCATTGCTCTTGTTCTCTCCTACTTGGACCCGCCGGAGATCGCCAAGCTCGCCGGAGTCAACCGCGCTTTCCGCGCAGCGTCGTCGGCCGACTTCATCTGGATTCCTAAATTGCCCTCCACTTCACCCTATCTCATCTCCAA...

XM_057949700.1
GATCCTTCCCTTCCCATCACCTCTCTTTCTACAGCCCTTTTCTCTCACCGGAAAATGGGAGCCAACGCCTCTTCTATCTCGCTACAGCGGACCGAGCTCGACGACATACCGGAATCCTGCATTGCTCTTGTTCTCTCCTACTTGGACCCGCCGGAGATCGCCAAGCTCGCCGGAGTCAACCGCGCTTTCCGCGCAGCGTCGTCGGCCGACTTCATCTGGATTCCTAAATTGCCCTCCACTTCACCCTATCTCATCTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020709
ATGGGAGCCAACGCCTCTTCTATCTCGCTACAGCGGACCGAGCTCGACGACATACCGGAATCCTGCATTGCTCTTGTTCTCTCCTACTTGGACCCGCCGGAGATCGCCAAGCTCGCCGGAGTCAACCGCGCTTTCCGCGCAGCGTCGTCGGCCGACTTCATCTGGATTCCTAAATTGCCCTCCACTTCACCCTATCTCATCTCCAAATTGTGCGATCGAGCAATTGGAGGCAGCTGCAGGAAAGACATTTACGCCTCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805683.1
MGANASSISLQRTELDDIPESCIALVLSYLDPPEIAKLAGVNRAFRAASSADFIWIPKLPSTSPYLISKLCDRAIGGSCRKDIYASLCRHTTLDGGTKEVWIDKRTGGVCLAISSKAMAITGIDDRRYWNHIPTHESRFETVACLEQIWWLEVDGEVEFRYPRGTYSLFFRLKLGRVGKQRLSRVHGWDTKPAQFQLKTHDGQHAASRCTLGSLGNWVHYHVGDFVVEDPNAFTTINFSLTQIDCTHTKGGLCVDSVLIC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器