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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003813

染色体: Chr04 坐标: 54273051-54278347 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003813
名称SmilChr04G003813
描述glutamate receptor 2.2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54273051 - 54278347 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020647
GeneID131020647
locus_tag-
NCBI NameLOC131020647
原始查询SmilChr04G003813

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutamate receptor 2.2-like
产物glutamate receptor 2.2-like
ArabidopsisAT2G24720 (GLR2.2)
glutamate receptor 2.2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817008]
identity=41.9; qcov=0.919; evalue=0; confidence=medium
RiceOs09g0429400 (OsGLR2.3)
-
identity=41.1; qcov=0.975; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0015276 (ligand-gated monoatomic ion channel activity); GO:0038023 (signaling receptor activity)
KEGG-
PfamPF00060 (Lig_chan); PF01094 (ANF_receptor); PF13458 (Peripla_BP_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020647

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805577.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805577.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805577.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805577.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805577.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54273812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B49,B79,C23,D1
Chr4:54273818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:54273832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr4:54273964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B29,B54
Chr4:54274084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr4:54274769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:54275644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B124
Chr4:54275976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B35
Chr4:54276076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,D10
Chr4:54276139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:54276303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,B95,C53
Chr4:54276605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805577.1
836 aa
N
1
418
836
ANF_receptor
Peripla_BP_6
Lig_chan
C
PF01094 ANF_receptor 4-346 aa PF13458 Peripla_BP_6 21-301 aa PF00060 Lig_chan 521-767 aa
XP_057805578.1
836 aa
N
1
418
836
ANF_receptor
Peripla_BP_6
Lig_chan
C
PF01094 ANF_receptor 4-346 aa PF13458 Peripla_BP_6 21-301 aa PF00060 Lig_chan 521-767 aa
XP_057805579.1
836 aa
N
1
418
836
ANF_receptor
Peripla_BP_6
Lig_chan
C
PF01094 ANF_receptor 4-346 aa PF13458 Peripla_BP_6 21-301 aa PF00060 Lig_chan 521-767 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805577.1 Pfam PF01094 ANF_receptor Domain 4 346 6.7e-77 259.6 Receptor family ligand binding region
XP_057805577.1 Pfam PF13458 Peripla_BP_6 Family 21 301 3e-18 67.3 Periplasmic binding protein
XP_057805577.1 Pfam PF00060 Lig_chan Family 521 767 1.2e-11 45.3 Ligand-gated ion channel
XP_057805578.1 Pfam PF01094 ANF_receptor Domain 4 346 6.7e-77 259.6 Receptor family ligand binding region
XP_057805578.1 Pfam PF13458 Peripla_BP_6 Family 21 301 3e-18 67.3 Periplasmic binding protein
XP_057805578.1 Pfam PF00060 Lig_chan Family 521 767 1.2e-11 45.3 Ligand-gated ion channel
XP_057805579.1 Pfam PF01094 ANF_receptor Domain 4 346 6.7e-77 259.6 Receptor family ligand binding region
XP_057805579.1 Pfam PF13458 Peripla_BP_6 Family 21 301 3e-18 67.3 Periplasmic binding protein
XP_057805579.1 Pfam PF00060 Lig_chan Family 521 767 1.2e-11 45.3 Ligand-gated ion channel

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100733.1
TTTCATTTTTTTTTTTCTCACTCTCAAACTAAAGCTGCTTCTAGAGGAAATGAAGCAGAAAGATTTATGCTTAGATATATGATACTAGCGAGTGGTAAAGTGTTGATTTCGAATGTAAAGCTATAAATTGCGAGCTTGGTGACGAAATCGGAAAAAATCCGCACAAACTATGTATATATTGTTAACATGCAGTTGTTTGAAAGGAAACTGGGTTTCGTAAATATTTTACACGATGAATTATTCCAAGGAGGAGAGCTATC...
XM_057949595.1
TTTTCAAAAAAGAAATTAACATTAACGAAAAAACATTTTCACCAAAAGGCATATTTTGGACCCATGCTGATGTCGAAGCTTATTTTTTATTTTTTTCATTTCATTTCATTTCATTTCATTTTTTTTTTTCTCACTCTCAAACTAAAGCTGCTTCTAGAGGAAATGAAGCAGAAAGATTTATGCTTAGATATATGATACTAGCGAGTGGTAAAGTGTTGATTTCGAATGTAAAGCTATAAATTGCGAGCTTGGTGACGAAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020647
ATGAGATGCTTATCGATGGCGCTGGCTGATTTTTATTCGTTTCACGGAGACTATAAAACGAGACTGGTTCTCCATCCAATGGATTCAAACGGAAGCGTCGTTGATGCTGCTGCTGCTGCTCTTCATTTACTGCGAGATGTCAAAGTGGATGCCATGATTGGTCCTCAAACGTCTGCACAGGTTAACTTTGTGATGGATTTGGGAGATAAGGCTCATGTGCCGATTATATCTTTCTCTGCAACGAGCCCCTCCCTCGTTCA...
LOC131020647
ATGAGATGCTTATCGATGGCGCTGGCTGATTTTTATTCGTTTCACGGAGACTATAAAACGAGACTGGTTCTCCATCCAATGGATTCAAACGGAAGCGTCGTTGATGCTGCTGCTGCTGCTCTTCATTTACTGCGAGATGTCAAAGTGGATGCCATGATTGGTCCTCAAACGTCTGCACAGGTTAACTTTGTGATGGATTTGGGAGATAAGGCTCATGTGCCGATTATATCTTTCTCTGCAACGAGCCCCTCCCTCGTTCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805577.1
MRCLSMALADFYSFHGDYKTRLVLHPMDSNGSVVDAAAAALHLLRDVKVDAMIGPQTSAQVNFVMDLGDKAHVPIISFSATSPSLVHQTPYFVQTAQSDANQVQAIASIVKALLWTQVVVIYEDTEFGNGIMPYLSNALQDVNARVPYRSVLPRSATDELISNELYKMMTMQTRVFVVHMSQFLGTKLFLKARELGMMTEGYVWIVTSGMTDLFSSISSDVAEAMQGVLGVRPLIPKSDELHSFASRLRQDNRDMNQDET...
XP_057805578.1
MRCLSMALADFYSFHGDYKTRLVLHPMDSNGSVVDAAAAALHLLRDVKVDAMIGPQTSAQVNFVMDLGDKAHVPIISFSATSPSLVHQTPYFVQTAQSDANQVQAIASIVKALLWTQVVVIYEDTEFGNGIMPYLSNALQDVNARVPYRSVLPRSATDELISNELYKMMTMQTRVFVVHMSQFLGTKLFLKARELGMMTEGYVWIVTSGMTDLFSSISSDVAEAMQGVLGVRPLIPKSDELHSFASRLRQDNRDMNQDET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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