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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003817`

染色体: Chr04 坐标: 54320497-54323723 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003817`
名称	SmilChr04G003817
描述	uncharacterized SmilChr04G003817
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54320497 - 54323723 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023630`
GeneID	`131023630`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023630`
原始查询	`SmilChr04G003817`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=27.2; qcov=0.623; evalue=1.41e-69; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=32.3; qcov=0.713; evalue=2.2e-108; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809157.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809157.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809157.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809157.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809157.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54321074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr4:54321093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B115,B133,B20
`Chr4:54321216`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B12,B2
`Chr4:54321216`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B12,B2
`Chr4:54321278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr4:54321308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr4:54321374`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A15,B13,B50
`Chr4:54321374`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A15,B13,B50
`Chr4:54321376`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A15,B50
`Chr4:54321376`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A15,B50
`Chr4:54321425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr4:54321517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809157.1

945 aa

472

945

DBD_Tnp_Mut

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF03108 DBD_Tnp_Mut 245-300 aa PF10551 MULE 443-538 aa PF00872 Transposase_mut 460-542 aa PF04434 SWIM 691-720 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809157.1`	Pfam	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	Family	245	300	3.1e-08	33.8	MuDR family transposase
`XP_057809157.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	443	538	4.9e-17	62.8	MULE transposase domain
`XP_057809157.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	460	542	1.7e-06	27.9	Transposase, Mutator family
`XP_057809157.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	691	720	4.8e-10	39.4	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953174.1
ATGACTTTAGATAGGATCGTATCTGAATTTGAGGACTGTTATGGTTCTAAACCTAAACTAGTGTATGCGGCAGACGTAGATTATCGCATTGATAAGGGTCTAGTTCCCCTAAGAAATCCTAAACAGTGTCATAAGGTTCTTGATTACCTAGAATTACTTGGCTATGAAGAGATAAATTTATTTGCAGATCATGAAATTGATGTGATGCCTACTTTTGTACCACTTGAGATGTTTTTAGAAGAAGATGAAGTTCTTGATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023630
ATGACTTTAGATAGGATCGTATCTGAATTTGAGGACTGTTATGGTTCTAAACCTAAACTAGTGTATGCGGCAGACGTAGATTATCGCATTGATAAGGGTCTAGTTCCCCTAAGAAATCCTAAACAGTGTCATAAGGTTCTTGATTACCTAGAATTACTTGGCTATGAAGAGATAAATTTATTTGCAGATCATGAAATTGATGTGATGCCTACTTTTGTACCACTTGAGATGTTTTTAGAAGAAGATGAAGTTCTTGATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809157.1
MTLDRIVSEFEDCYGSKPKLVYAADVDYRIDKGLVPLRNPKQCHKVLDYLELLGYEEINLFADHEIDVMPTFVPLEMFLEEDEVLDKGVENTDAGVQLNDLIGLEEVEVTWVKEGEMSDDLDNTQGERAGIKKGEHGDVEDGEQGDELPEVEEGERTGIEEGEQGDELPEVEEGERAGIEEGEQGDELPEVEEGERAGIEEGEGRGHGDDENSSVYSECWESDDEVKSLEQLVGSVEGGEEGSFELGMTFAGAKEARESI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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