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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003838

染色体: Chr04 坐标: 54406072-54409104 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003838
名称SmilChr04G003838
描述uncharacterized SmilChr04G003838
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54406072 - 54409104 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020750
GeneID131020750
locus_tag-
NCBI NameLOC131020750
原始查询SmilChr04G003838

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kish-A-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832139]; symbol=AT5G20165; hit=AT5G20165; species=arabidopsis; confidence=medium
产物kish-A-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832139]; symbol=AT5G20165; hit=AT5G20165; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G20165 (AT5G20165)
kish-A-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832139]
identity=87.1; qcov=1; evalue=2.58e-41; confidence=medium
RiceOs05g0251500
-
identity=82.9; qcov=1; evalue=6.91e-39; confidence=medium
GOGO:0009306 (protein secretion); GO:0046907 (intracellular transport)
KEGG-
PfamPF06842 (DUF1242)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020750

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057805749.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057805749.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057805749.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057805749.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057805749.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54406246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,D10
Chr4:54408078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805749.1
70 aa
N
1
35
70
DUF1242
C
PF06842 DUF1242 10-43 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805749.1 Pfam PF06842 DUF1242 Family 10 43 4.9e-15 55.9 Protein of unknown function (DUF1242)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949766.1
GGGTGGGTAAAAACTTCCATTAACACGATTATTTTTGTATGGATAAATAGTTAAATACCCATCTTATTCAAGTCAAAAAAAAAAAATACCCCATCTTATTACTCCATAAAATAATCTCATGCTGCTCGAGAGCAACCTAATGTACGAAAACCTTTTCTTTGGCAAAACTTGATTTGCTATATTCAGCTCCGAAGGAAAGTAGATCTTCAGTCGTAACACTCGTAACTGGAACAAATAATTCAAATTCCGATTAACTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020750
ATGTCAGCGCTGTTCAATTTCCATTCGTTTCTCACAGTTGTTTTGTTGGGCATATGTGCCTGCACATATGTGAAGATTCAATTCCCTGCTCTTCTTGAACAGAGAACTGGGTTTCGAGGTGTCTTCTGGAAGGCTGCTAGAATAGGGGAGCGACTGAGCCCTTGGGTCGCTGCAGGATGCTTCACTATGGGCGTCTCGATCATCTTCTTCTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805749.1
MSALFNFHSFLTVVLLGICACTYVKIQFPALLEQRTGFRGVFWKAARIGERLSPWVAAGCFTMGVSIIFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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