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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003839

染色体: Chr04 坐标: 54409805-54415110 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003839
名称SmilChr04G003839
描述uncharacterized SmilChr04G003839
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54409805 - 54415110 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020657
GeneID131020657
locus_tag-
NCBI NameLOC131020657
原始查询SmilChr04G003839

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述propionyl-CoA carboxylase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837323]; symbol=AT1G01770; hit=AT1G01770; species=arabidopsis; confidence=high
产物propionyl-CoA carboxylase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837323]; symbol=AT1G01770; hit=AT1G01770; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G01770 (AT1G01770)
propionyl-CoA carboxylase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837323]
identity=60.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0457300
-
identity=59; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07287 (AtuA); PF23544 (AtuA_ferredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805606.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057805606.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805606.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805606.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805606.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54410155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:54410203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr4:54410213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr4:54410221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,D11
Chr4:54410365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B30,C29,C76
Chr4:54410368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D4
Chr4:54410584 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C38
Chr4:54410584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr4:54411401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C2
Chr4:54411524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr4:54411525 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C33
Chr4:54411525 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805606.1
639 aa
N
1
320
639
AtuA
AtuA_ferredoxin
C
PF07287 AtuA 29-458 aa PF23544 AtuA_ferredoxin 517-635 aa
XP_057805607.1
550 aa
N
1
275
550
AtuA
AtuA_ferredoxin
C
PF07287 AtuA 1-369 aa PF23544 AtuA_ferredoxin 428-546 aa
XP_057805608.1
550 aa
N
1
275
550
AtuA
AtuA_ferredoxin
C
PF07287 AtuA 1-369 aa PF23544 AtuA_ferredoxin 428-546 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805606.1 Pfam PF07287 AtuA Family 29 458 1.5e-101 341.0 Acyclic terpene utilisation family protein AtuA
XP_057805606.1 Pfam PF23544 AtuA_ferredoxin Domain 517 635 2.7e-43 147.5 AtuA ferredoxin-like domain
XP_057805607.1 Pfam PF07287 AtuA Family 1 369 7.4e-83 279.5 Acyclic terpene utilisation family protein AtuA
XP_057805607.1 Pfam PF23544 AtuA_ferredoxin Domain 428 546 2.2e-43 147.9 AtuA ferredoxin-like domain
XP_057805608.1 Pfam PF07287 AtuA Family 1 369 7.4e-83 279.5 Acyclic terpene utilisation family protein AtuA
XP_057805608.1 Pfam PF23544 AtuA_ferredoxin Domain 428 546 2.2e-43 147.9 AtuA ferredoxin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949623.1
AAAAAATCTTAAAATTTGTATCATCCTACTTCCTACATGTGAATTGTGATACTCTCCCACGGCACCGAACTAGTTTAGCTACCAAACGAGCCTTAAAATGGTTAGTCTGCGATGAGCTGAGTTGGCCTTTACTCGTTATTACTACTCCATCAAGACTCAATACTACTGCACAGTTTGCACCTTCAAATGGAGGAGTTCGGAAACGAAACGCGGGAGACTCACGACTGCCTAGTCAATCTGAGGCGGAGCCCGGTGAGGCG...
XM_057949624.1
TGCTTCAGAGAGTGAACGAATTGGACTATTTGGTACTCGAATGCCTGGCGGAACGCACGCTTGCTGAGCGATACAGAGACGCAAAGTCCGGCGGCTCGGGCTACGATCCTCGCAAATGCGGTCAGGATAAACACCTTGCCTTTCACATGTTGAAGTGTTGCTTTGGCCTCTGGATGTTTCAGAGTGGATGCGGTTGCTTTTACCTCCGGCCGTGGAGAGCGGTGTTCGCATTATTACCAATATGGGTGCTAAGTCTCCAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020657
ATGGAGGAGTTCGGAAACGAAACGCGGGAGACTCACGACTGCCTAGTCAATCTGAGGCGGAGCCCGGTGAGGCGTAAGGAGAAGGTAGTGATAGGCTGTGGAGCTGGTTTCGCCGGAGACCGGCCTGCTGCAGCTGTGAAATTGCTTCAGAGAGTGAACGAATTGGACTATTTGGTACTCGAATGCCTGGCGGAACGCACGCTTGCTGAGCGATACAGAGACGCAAAGTCCGGCGGCTCGGGCTACGATCCTCGCATTTC...
LOC131020657
ATGCGGTTGCTTTTACCTCCGGCCGTGGAGAGCGGTGTTCGCATTATTACCAATATGGGTGCTAAGTCTCCATATGGTGCTCAAGAAGAGGTTTTACGAATTGCAAGCGAGCTGGGGATTAGCGTAAGAGTTGGCCTGGCTTATCAATCATCTGTTTCAGAGAAAGGAGTGGACAATCAACCGAAGCTTGTTGATGGTGATGTTAGTGTTTATCTAGGAGCAGCCCCGATTGTGGAATGCCTGGAGAGGTACGCACCTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805606.1
MEEFGNETRETHDCLVNLRRSPVRRKEKVVIGCGAGFAGDRPAAAVKLLQRVNELDYLVLECLAERTLAERYRDAKSGGSGYDPRISEWMRLLLPPAVESGVRIITNMGAKSPYGAQEEVLRIASELGISVRVGLAYQSSVSEKGVDNQPKLVDGDVSVYLGAAPIVECLERYAPDVLITSRVADASLFLGPMVFELGWNWDEFWHLAQGSLAGHLLECGCQLTGGYYMHPGDKHRNMSFQDLLQISLPYAQVTFDGTVS...
XP_057805607.1
MRLLLPPAVESGVRIITNMGAKSPYGAQEEVLRIASELGISVRVGLAYQSSVSEKGVDNQPKLVDGDVSVYLGAAPIVECLERYAPDVLITSRVADASLFLGPMVFELGWNWDEFWHLAQGSLAGHLLECGCQLTGGYYMHPGDKHRNMSFQDLLQISLPYAQVTFDGTVSVAKAEGTRGVLNCSTCAEQLLYEVGDPSSYITPDVIVDFQDVTFQSLSDDKVLCSGAKPSTECRPEKLLLLKSKDVGWKGWGEISYGGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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