当前解析结果
SmilChr04G003844| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003844 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003844 |
| 描述 | transcription factor MYB17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 54458625 - 54460801 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020705 |
|---|---|
| GeneID | 131020705 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020705 |
| 原始查询 | SmilChr04G003844 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB17-like |
| 产物 | transcription factor MYB17-like |
| Arabidopsis | AT3G61250 (MYB17)myb domain protein 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825297] identity=62.3; qcov=1.06; evalue=4.19e-122; confidence=high |
| Rice | Os02g0641900 (myb7)- identity=51.3; qcov=1.08; evalue=1.72e-95; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020705 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805679.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805679.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805679.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805679.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057805679.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:54459675 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr4:54459702 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr4:54460318 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B119 |
Chr4:54460320 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr4:54460321 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A14,A21,B104,B138,B24,B30,B42,B43,B46,B53,C13,C26,C32,C53,C64,C66,C68,C70,C76,D11,D8 |
Chr4:54460326 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A14,A21,B104,B138,B24,B30,B42,B43,B46,B53,C13,C26,C32,C53,C64,C66,C68,C70,C76,D11,D8 |
Chr4:54460366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,C33,C80 |
Chr4:54460408 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B48 |
Chr4:54460411 |
T |
TTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A20,B113,B12,B132,B137,B19,B76,B82,B84,B9,C1,C20,C21,C34,C37,C43,C56,C57,C61,C62,C78 |
Chr4:54460438 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,B40 |
Chr4:54460447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr4:54460459 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,C15,C18,C4,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805679.1PF00249
Myb_DNA-binding 14-61 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 17-76 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 67-112 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 70-114 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805679.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 14 | 61 | 2.6e-38 | 130.6 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057805679.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 17 | 76 | 1.3e-20 | 74.0 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057805679.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 67 | 112 | 2.6e-38 | 130.6 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057805679.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 70 | 114 | 1.3e-20 | 74.0 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。