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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003853

染色体: Chr04 坐标: 54503389-54505994 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003853
名称SmilChr04G003853
描述rho GTPase-activating protein 4-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54503389 - 54505994 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020747
GeneID131020747
locus_tag-
NCBI NameLOC131020747
原始查询SmilChr04G003853

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述rho GTPase-activating protein 4-like
产物rho GTPase-activating protein 4-like
ArabidopsisAT3G11490 (AT3G11490)
rac GTPase activating protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820322]
identity=62.3; qcov=0.53; evalue=2.94e-14; confidence=low
RiceOs07g0408500 (P0492E07.106)
-
identity=68.2; qcov=0.44; evalue=5.08e-14; confidence=low
GOGO:0005096 (GTPase activator activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057805745.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057805745.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057805745.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057805745.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057805745.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54503844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C35
Chr4:54503859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B135,B48,B75
Chr4:54503874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr4:54505095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B40
Chr4:54505130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949763.1
GTAGTTGAAAAGACAGAAATACCCTTACTTTAAAATTTGAAAAAATGGCCACTCATTTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTTCACCTTCACGTCACACTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTTCCTTTCCTTCTCGTCCTCGCCGCCGCTCCACAGTTGCCGCCCACCACCACCGCTACGCTGCTGTTCTGAGACGGAGGGAGCCGCGCGCGCGGCAGCGTTGCTCCGCCAGTGCTGACTCGCCGGGGAAGAAGACGCGCTTC...
XM_057949762.1
AAGACAGAAATACCCTTACTTTAAAATTTGAAAAAATGGCCACTCATTTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTTCACCTTCACGTCACACTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTTCCTTTCCTTCTCGTCCTCGCCGCCGCTCCACAGTTGCCGCCCACCACCACCGCTACGCTGCTGTTCTGAGACGGAGGGAGCCGCGCGCGCGGCAGCGTTGCTCCGCCAGTGCTGACTCGCCGGGGAAGAAGACGCGCTTCTGGGAGAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020747
ATGTTAGGCATGTTGCTCATGTTACCTTTGATAGGTTTAATGGCTTTCTTGGCCTTCATGTGGAGTTCGAACCTGAAGTACCTAGAAGGCGTCCTAGTGCAGTTTGAAGCTATCTTCAGAATCAACCCAGAAAATGGACAGGAAGAGTATGTGAGGGAGAAACTAAACAATGGATTGATCCTAGATGACATTGATGTTCACTGTTTAGTAGATCTCATTAAGATACTAGTTTCTGAAGCCAGAGTTTTGGGGCTTGGACC...
LOC131020747
ATGTTAGGCATGTTGCTCATGTTACCTTTGATAGGTTTAATGGCTTTCTTGGCCTTCATGTGGAGTTCGAACCTGAAGTACCTAGAAGGCGTCCTAGTGCAGTTTGAAGCTATCTTCAGAATCAACCCAGAAAATGGACAGGAAGAGTATGTGAGGGAGAAACTAAACAATGGATTGATCCTAGATGACATTGATGTTCACTGTTTAGTAGATCTCATTAAGATACTAGTTTCTGAAGCCAGAGTTTTGGGGCTTGGACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805745.1
MLGMLLMLPLIGLMAFLAFMWSSNLKYLEGVLVQFEAIFRINPENGQEEYVREKLNNGLILDDIDVHCLVDLIKILVSEARVLGLGPRFMSICITKLAIE
XP_057805746.1
MLGMLLMLPLIGLMAFLAFMWSSNLKYLEGVLVQFEAIFRINPENGQEEYVREKLNNGLILDDIDVHCLVDLIKILVSEARVLGLGPRFMSICITKLAIE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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