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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003857

染色体: Chr04 坐标: 54516779-54517998 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003857
名称SmilChr04G003857
描述uncharacterized SmilChr04G003857
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54516779 - 54517998 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020737
GeneID131020737
locus_tag-
NCBI NameLOC131020737
原始查询SmilChr04G003857

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805731.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057805731.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057805731.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805731.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805731.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54516968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C47
Chr4:54516969 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 53 A1,A14,A18,A22,A23,B10,B101,B106,B109,B122,B124,B127,B136,B138,B24,B26,B32,B36,B37,B38,B39,B42,B43,B44,B46,B54,B57,B64,B69,B7,B80,B82,B86,B89,B91,C13,C14,C19,C26,C32,C34,C43,C44,C48,C62,C64,C65,C66,C68,C76,C8,C86,D8
Chr4:54517085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B97,C40
Chr4:54517437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr4:54517468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C15
Chr4:54517531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C15,C4
Chr4:54517538 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A25,B121,B34,C12,C63,C72
Chr4:54517559 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A18,B117,B78,C36,C85
Chr4:54517559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B117,B78,C36,C85
Chr4:54517583 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B55
Chr4:54517583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr4:54517603 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 17 A7,B108,B118,B18,B40,B48,B6,B61,B98,C15,C34,C52,C61,C63,C78,D4,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949748.1
CTAACCCCAAATTTCTCTCACGAGCTAACAAGTCTGAGCTCTGAAATCCCAAATGTCGTCCCAACCCCGAAACGACGACGTTCGGAACCTCGAAGAAGTTGCAGAAGAAGAAGATGTGGTAAAGCTGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGGGAAATGGCTCAGAAAATAGTCGAGTACCGAACCACTCTCACCTCTTCTCTTCTCGAATCCCCGAGACCCGTTTTACCGACCCAATTGCTGAACGAATCGGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020737
ATGTCGTCCCAACCCCGAAACGACGACGTTCGGAACCTCGAAGAAGTTGCAGAAGAAGAAGATGTGGTAAAGCTGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGGGAAATGGCTCAGAAAATAGTCGAGTACCGAACCACTCTCACCTCTTCTCTTCTCGAATCCCCGAGACCCGTTTTACCGACCCAATTGCTGAACGAATCGGATCCTAAACCCCCAACGCTTCCCGCCCCGGACACGGATGCTGCCGTCAGCCAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805731.1
MSSQPRNDDVRNLEEVAEEEDVVKLEEEEEEEEDGEMAQKIVEYRTTLTSSLLESPRPVLPTQLLNESDPKPPTLPAPDTDAAVSQVMFSSRIELEQAVAEAEEFMEDYMRRYIEDDSAYQRLRRAISKRSRRSRRAGRRKANRKEKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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