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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003864

染色体: Chr04 坐标: 54562327-54564913 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003864
名称SmilChr04G003864
描述adrenodoxin-like protein 2, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54562327 - 54564913 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020732
GeneID131020732
locus_tag-
NCBI NameLOC131020732
原始查询SmilChr04G003864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述adrenodoxin-like protein 2, mitochondrial
产物adrenodoxin-like protein 2%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G21090 (MFDX2)
MITOCHONDRIAL FERREDOXIN 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827856]
identity=54; qcov=1.09; evalue=9.92e-61; confidence=high
RiceOs07g0110300 (OsISC20)
-
identity=57.7; qcov=0.994; evalue=4.31e-64; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0051537 (2 iron, 2 sulfur cluster binding); GO:0140647 (P450-containing electron transport chain)
KEGG-
PfamPF00111 (Fer2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020732

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805726.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057805726.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805726.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805726.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805726.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54562582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C17
Chr4:54562881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:54563054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr4:54563084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:54563294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:54563334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:54564442 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C46
Chr4:54564442 GGC G 2bp_deletion CDS_variant 1 C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805726.1
169 aa
N
1
84
169
Fer2
C
PF00111 Fer2 71-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805726.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 71 154 4.9e-11 43.1 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949743.1
CCCTTTAATTAAAGAGTGTTATATTTGTGCTCTCTTTTTCCTTTTTCTTTCTGTAAACAATAAATTGGGTTTGATCAAAAAGCCCAGTCCATTTCGACAAGCGTTTCGTGTGCAGTAAGCCGACGTCGTTGGCTGCCCTATTGAACCCCGGACCTCAGCCGTTCACCGCCACGCGCGGCGGCGACACCTTTTACCATTTGAAGACTTCAATTTGAGCTTCTGAGATTCGAGGCTGAAGGACTATGTTCATTTCTAAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020732
ATGTTCATTTCTAAGTTTTTTCGGCTGGGAGCTCGCGCGATGAGGAGCCCTGCAGTTAGAGCTCGAACTTTTTCATCAGCGGTATCATACTCAATGGCTCATAATCTGTATTTAAAAACACAGAGGCATGCATCGTTTTGCACTTCTGCAGCTAAACTGGACTCGGAGGAAGGCGAGGAAGAACCAAAAAGAATAAACGTAACGTTTGTGGACAAAGACGGAGAGGAGAAGCATATCAGTGTCCCTGAGGGGTTTTCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805726.1
MFISKFFRLGARAMRSPAVRARTFSSAVSYSMAHNLYLKTQRHASFCTSAAKLDSEEGEEEPKRINVTFVDKDGEEKHISVPEGFSMLEAAHDNDIDLEGACEGTMACSTCHVIVTDVDQYNKLPDPTDEELDMLDLAFGLTKTSRLGCQIIAKRELDGLRLALPAATL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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