Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003895`

染色体: Chr04 坐标: 54754227-54757825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003895`
名称	SmilChr04G003895
描述	late embryogenesis abundant protein At1g64065-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54754227 - 54757825 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020761`
GeneID	`131020761`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020761`
原始查询	`SmilChr04G003895`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	late embryogenesis abundant protein At1g64065-like
产物	late embryogenesis abundant protein At1g64065-like
Arabidopsis	`AT2G46150` (AT2G46150) Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819222] identity=40.5; qcov=1; evalue=9.36e-52; confidence=medium
Rice	`Os01g0736500` - identity=34.6; qcov=0.839; evalue=6.95e-25; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03168 (LEA_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020761

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057805752.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805752.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805752.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805752.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805752.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54755227`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B30,C56
`Chr4:54755227`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C56
`Chr4:54755371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:54755397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:54755453`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C44
`Chr4:54755453`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C44
`Chr4:54755601`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:54755664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr4:54755853`	`G`	`GT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	35	A13,A3,A6,B103,B11,B119,B12,B128,B134,B19,B25,B44,B49,B5,B50,B52,B53,B57,B60,B68,B73,B78,B79,B88,B9,B94,C17,C37,C41,C52,C60,C64,D2,D3,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805752.1

217 aa

108

217

LEA_2

PF03168 LEA_2 96-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805752.1`	Pfam	`PF03168`	LEA_2	Domain	96	194	3.6e-09	37.7	Late embryogenesis abundant protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949769.1
AAACACAAATACAATATGAGTAAAACTAAAAGAAATTCACCAAAAAGGAAAATCGGAAGAAAATAAAGAACCAAAGCAAACAATTATACACAACTCAACCAATACTATATGAGGGTGTGTTTTTTTTTGATAAATTAACAGTATATGAGGGTGTTTATGTACTCTTCATGATCATAAGATATACGACTAATTCCAATGTTAAAATTTCACCAATCTCACGCTTTCAATAAAATATAAATTAAATAAAATTAGTTTTAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020761
ATGGAGAAACCGCCGGAGCAAGTACAGCAGCAACTCGCCGCCGCCGCCGTCGACATCGATGAAGAAAAAGCCAAAGCCGCCCTCCGCAAACGCTACCTGCTGAGATGCTGCAGCTGCGCCGGCGCGTCCCTATTTTTCCTATGCATATTCACCGTAGCCCTAGCCTTCACCGTGTTCAGAGCGAGAGCGCCGGAATTCCGGCTCAACGGCTCCACCGTCAAGCTCGACCTCATCAACGGCACCGGCCTCCCGCGGCCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805752.1
MEKPPEQVQQQLAAAAVDIDEEKAKAALRKRYLLRCCSCAGASLFFLCIFTVALAFTVFRARAPEFRLNGSTVKLDLINGTGLPRPGSNATILADVSVKNRNFASFRHRSSAAPIYYRGAAIGEARAPPGNLPARRTERMNVTVDVIMDRVVALPGFGSDVESGSVTMSWCARVGGKAKFLIVKKHVTMKMNCTVTVDVAKMAILEYKCKQKIKLFN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器