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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003926

染色体: Chr04 坐标: 54932033-54933174 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003926
名称SmilChr04G003926
描述transcription factor TRY-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54932033 - 54933174 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020789
GeneID131020789
locus_tag-
NCBI NameLOC131020789
原始查询SmilChr04G003926

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor TRY-like
产物transcription factor TRY-like
ArabidopsisAT5G53200 (TRY)
Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835401]
identity=67.5; qcov=0.899; evalue=2.58e-34; confidence=medium
RiceOs01g0619100 (OsTCL1)
-
identity=57.1; qcov=0.629; evalue=5.06e-20; confidence=low
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0030154 (cell differentiation)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020789

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805795.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805795.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805795.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805795.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057805795.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54932987 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B119
Chr4:54932987 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B119

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805795.1
89 aa
N
1
44
89
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 29-70 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805795.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 29 70 2.4e-08 34.7 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949812.1
GTAGGACCAACGGTTCCCACTGCTTCTCTCCTTACACAACTGTTTGTCTAAATACATAAATATATAAATACCTCTCTCTATATATATATCCAGTTTGAATCATACAACTTGTAAAAAAATCTCATCTTTTTTTTTTTGGGAGAGAGATAAGCTCTCTTATTTCCAAGAACTAGCTCTGTAGCTATGGATAAGTGTCGGCAGAAGCAGATCAAGATTCGGAAATACCCTCTGTGTGAAGAGGTGAGCAGTATTGAATGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020789
ATGGATAAGTGTCGGCAGAAGCAGATCAAGATTCGGAAATACCCTCTGTGTGAAGAGGTGAGCAGTATTGAATGGGAGTTTGTGAACATGACTGATCAAGAAGAAGACATCATCAACAGAATGCACAAGCTTGTTGGGGACAGGTGGGGTTTGATAGCTGGGAGACTTCCTGGGAGGAAAGCTGAGGAGATTGAGAGATTTTGGTTGATGAGAAATAGTGACAATTTTACAGATAAAAGAAAGGAATATCATAGGAGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805795.1
MDKCRQKQIKIRKYPLCEEVSSIEWEFVNMTDQEEDIINRMHKLVGDRWGLIAGRLPGRKAEEIERFWLMRNSDNFTDKRKEYHRRQKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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