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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003965

染色体: Chr04 坐标: 55138128-55140367 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003965
名称SmilChr04G003965
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55138128 - 55140367 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020824
GeneID131020824
locus_tag-
NCBI NameLOC131020824
原始查询SmilChr04G003965

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G16420 (AT5G16420)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831503]
identity=63.7; qcov=0.895; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0125300
-
identity=41.5; qcov=0.943; evalue=1.47e-130; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020824

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057805844.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805844.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805844.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805844.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805844.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55138749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C25
Chr4:55138967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B60,B69,B71,C14,C40
Chr4:55138996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:55139061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A23,B109,B3,C12
Chr4:55139080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr4:55139168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr4:55139446 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C76
Chr4:55139446 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 C76
Chr4:55139483 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C41
Chr4:55139483 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C41
Chr4:55139521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B30,B46,D11
Chr4:55139522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B109,B3,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805844.1
544 aa
N
1
272
544
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
C
PF01535 PPR 131-158 aa PF13041 PPR_2 162-211 aa PF13812 PPR_3 192-247 aa PF12854 PPR_1 195-225 aa PF13041 PPR_2 197-243 aa PF01535 PPR 200-229 aa PF13041 PPR_2 232-281 aa PF01535 PPR 235-264 aa PF13812 PPR_3 256-314 aa PF12854 PPR_1 264-296 aa PF01535 PPR 271-299 aa PF13041 PPR_2 271-316 aa PF12854 PPR_1 300-330 aa PF01535 PPR 305-334 aa PF01535 PPR 345-370 aa PF12854 PPR_1 368-399 aa PF01535 PPR 376-402 aa PF12854 PPR_1 402-435 aa PF13041 PPR_2 406-455 aa PF01535 PPR 410-439 aa PF13812 PPR_3 429-486 aa PF12854 PPR_1 437-469 aa PF01535 PPR 444-474 aa PF13041 PPR_2 444-489 aa PF12854 PPR_1 472-492 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 131 158 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 162 211 1e-97 320.8 PPR repeat family
XP_057805844.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 192 247 7.6e-40 135.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805844.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 195 225 7.5e-76 250.2 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 197 243 1e-97 320.8 PPR repeat family
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 200 229 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 232 281 1e-97 320.8 PPR repeat family
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 235 264 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 256 314 7.6e-40 135.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805844.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 264 296 7.5e-76 250.2 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 271 299 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 271 316 1e-97 320.8 PPR repeat family
XP_057805844.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 300 330 7.5e-76 250.2 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 305 334 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 345 370 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 368 399 7.5e-76 250.2 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 376 402 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 402 435 7.5e-76 250.2 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 406 455 1e-97 320.8 PPR repeat family
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 410 439 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 429 486 7.6e-40 135.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057805844.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 437 469 7.5e-76 250.2 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 444 474 1.8e-64 210.3 PPR repeat
XP_057805844.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 444 489 1e-97 320.8 PPR repeat family
XP_057805844.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 472 492 7.5e-76 250.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949861.1
AGTAACTTCTACTATTACAGCAATTTGTTTTGCCCGCCAGTAGTATTTCACTATTCACCATGTTAAGTCATCGGAAAATTCACCCTCTCCGCCGCATCACCGCCGCGGCCCACCCGTTCTCCGCCTTGACCTCCAACGACGACGACCACATCTCCACCATAAAATCCAAATCCGAACTCCTCCAGACATACACAGTCACACCACCAATCAAACCCTGGCCACGAAAGCTCACCCCCAAACGCCTCTGCTCCATCATCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020824
ATGTTAAGTCATCGGAAAATTCACCCTCTCCGCCGCATCACCGCCGCGGCCCACCCGTTCTCCGCCTTGACCTCCAACGACGACGACCACATCTCCACCATAAAATCCAAATCCGAACTCCTCCAGACATACACAGTCACACCACCAATCAAACCCTGGCCACGAAAGCTCACCCCCAAACGCCTCTGCTCCATCATCTCCCAACAGCAGAATCTCGATCTCGCCCTTCAAATCTTCCAGCACGCCGGAAATTACCACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805844.1
MLSHRKIHPLRRITAAAHPFSALTSNDDDHISTIKSKSELLQTYTVTPPIKPWPRKLTPKRLCSIISQQQNLDLALQIFQHAGNYHPNFHHTYETYHSIIHKLSRLRAFEPIPSLLNELRGSQIKCGEDVFITLIRYYGIAGRPKEAIRVFLRVNDFGVKRSVRSLNTLLNALVQNRKYDTVYIMFKNCQKRFEIMPNMFTCNILLKALCKKDDVEGALKVFDEMPKMGMVPNVVSYTTIMSGYVDRGDMLGAKSMLDEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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