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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003980

染色体: Chr04 坐标: 55247642-55254934 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003980
名称SmilChr04G003980
描述protein LATE ELONGATED HYPOCOTYL-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55247642 - 55254934 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020844
GeneID131020844
locus_tag-
NCBI NameLOC131020844
原始查询SmilChr04G003980

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LATE ELONGATED HYPOCOTYL-like
产物protein LATE ELONGATED HYPOCOTYL-like
ArabidopsisAT2G46830 (CCA1)
circadian clock associated 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819296]
identity=35.6; qcov=1.02; evalue=8.97e-91; confidence=medium
RiceOs08g0157600 (CCA1)
-
identity=38.5; qcov=1.04; evalue=2.51e-101; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGGsmil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020844

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805864.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805864.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805864.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805864.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057805864.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55252934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B78,C14,C84,D10
Chr4:55253062 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B23
Chr4:55253062 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B23
Chr4:55253494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B4,C37
Chr4:55253988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr4:55254331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:55254449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B56,B96
Chr4:55254464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:55254487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B124
Chr4:55254494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B75
Chr4:55254588 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr4:55254628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805864.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805865.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805866.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805867.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805868.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805869.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805870.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805871.1
768 aa
N
1
384
768
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 24-67 aa
XP_057805872.1
760 aa
N
1
380
760
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 16-59 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805864.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805865.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805866.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805867.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805868.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805869.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805870.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805871.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 24 67 3.1e-13 50.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057805872.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 16 59 3e-13 50.4 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949881.1
AAACCCCCCAATTTCTTAATTTTCCCTAAATTAAATGATTTAAATCTACTCTGTATTTACTCGTGGCTCACAATTTTCCTCCTATCAAAAAATAAAAAAACAAAACCAGACAACCCGTTTGCATTTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTGCTTTCCTCTTCCTTCCCCACTCTCTTCTCCATTGGAGCTGCTCCTCGTTGATTAGCAGGCTGCAGCGGTTAATTTCCTTTCCCGCACAACCTTGCTGAGCTTGCGGACGC...
XM_057949883.1
AAATGATTTAAATCTACTCTGTATTTACTCGTGGCTCACAATTTTCCTCCTATCAAAAAATAAAAAAACAAAACCAGACAACCCGTTTGCATTTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTGCTTTCCTCTTCCTTCCCCACTCTCTTCTCCATTGGAGCTGCTCCTCGTTGATTAGCAGGCTGCAGCGGTTAATTTCCTTTCCCGCACAACCTTGCTGAGCTTGCGGACGCCGTGGTGGAGGCTCCGATTGACTATTTATGGG...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131020844
ATGCGGTTCGTTTTGATAAGGAAGCCTTATACGATTACTAAGCAGCGGGAGCGATGGACTGAAGAGGAGCACAATAGGTTTCTAGAAGCTCTCAAGCTCTATGGCCGTGCTTGGCAACGAATAGAAGAACATATAGGAACCAAGACTGCTGTGCAGATAAGAAGTCATGCACAGAAGTTTTTCACAAAGTTGGAAAAGGAGGCCACTGTTAAAGGAGTTCCATTAGGGCAATCTCTTGACATCGAAATCCCTCCACCACG...
LOC131020844
ATGGACCCTTATTCATCTGGAGAGGACCATGTCATTAAGATAAGGAAGCCTTATACGATTACTAAGCAGCGGGAGCGATGGACTGAAGAGGAGCACAATAGGTTTCTAGAAGCTCTCAAGCTCTATGGCCGTGCTTGGCAACGAATAGAAGAACATATAGGAACCAAGACTGCTGTGCAGATAAGAAGTCATGCACAGAAGTTTTTCACAAAGTTGGAAAAGGAGGCCACTGTTAAAGGAGTTCCATTAGGGCAATCTCT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057805864.1
MDPYSSGEDHVIKIRKPYTITKQRERWTEEEHNRFLEALKLYGRAWQRIEEHIGTKTAVQIRSHAQKFFTKLEKEATVKGVPLGQSLDIEIPPPRPKRKPNNPYPRKTSAGTSASQVGVKDGKISNPVSSSCQSKVTVDTEKPSDDEKVGNSKEYHDKDNCFEAFTLKTAPCEFPSSANKIASVSDAPKKSCTFRQYIPLSGEAMDQDETAASQVTTETKGLQMEKSDNEQYFQDKLAFKMSNVVDTYLSREKSVHTKNI...
XP_057805865.1
MDPYSSGEDHVIKIRKPYTITKQRERWTEEEHNRFLEALKLYGRAWQRIEEHIGTKTAVQIRSHAQKFFTKLEKEATVKGVPLGQSLDIEIPPPRPKRKPNNPYPRKTSAGTSASQVGVKDGKISNPVSSSCQSKVTVDTEKPSDDEKVGNSKEYHDKDNCFEAFTLKTAPCEFPSSANKIASVSDAPKKSCTFRQYIPLSGEAMDQDETAASQVTTETKGLQMEKSDNEQYFQDKLAFKMSNVVDTYLSREKSVHTKNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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