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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004003

染色体: Chr04 坐标: 55373070-55378103 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004003
名称SmilChr04G004003
描述protein ROOT HAIR SPECIFIC 17-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55373070 - 55378103 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020872
GeneID131020872
locus_tag-
NCBI NameLOC131020872
原始查询SmilChr04G004003

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ROOT HAIR SPECIFIC 17-like
产物protein ROOT HAIR SPECIFIC 17-like
ArabidopsisAT4G38390 (RHS17)
root hair specific 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829996]
identity=66.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0563000
-
identity=70.3; qcov=0.914; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF10250 (O-FucT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020872

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057805900.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057805900.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805900.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805900.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805900.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55373263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,C26,C30,C37
Chr4:55373323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C14
Chr4:55373333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B3,B73,B83,C22
Chr4:55373539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,C26,C30
Chr4:55374845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr4:55374853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:55374903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr4:55374930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C42
Chr4:55374933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:55374961 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A3,B12,C61,C78
Chr4:55374961 C CA 1bp_insertion CDS_variant 4 A3,B12,C61,C78
Chr4:55374966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B91,C42,C49,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805900.1
520 aa
N
1
260
520
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 100-412 aa
XP_057805901.1
428 aa
N
1
214
428
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 8-320 aa
XP_057805902.1
428 aa
N
1
214
428
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 8-320 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805900.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 100 412 4.1e-98 329.9 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057805901.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 8 320 2.4e-98 330.7 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase
XP_057805902.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 8 320 2.4e-98 330.7 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949917.1
AACCGTCGATGACTACAACTTCAAGTCTTGGAAGTTGGAAGTAGTTGTGTGGTTGCTGTATAGTTTTCTTACACCAAATATACGAATAAACAATCAGTTTCTTCATTCCGATCACTTGTTTTTCTCTCTCTAGGAATCGTTGCGCCGGCGCAGCATGAAAAGGCACAGAAGCGAATTCATCGGACTGCACATTCTAAACAATCTCATCATCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAGCTTCCTCCTCCCCTTGCTCTCCGCCGCCT...
XM_057949919.1
AACAATCTCATCATCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAGCTTCCTCCTCCCCTTGCTCTCCGCCGCCTGCGGCTGTTTGCTTCTTCTCTGCGCAGCTCTTTCCGTCATTCGCTGCCACCGCCTCCCTTCGAACACCTCATTGAAATGGAGGCTTAAATGAGGTGCTTAATGCAGAGAAACTATACATATTGCAGCTGCGGAAATGAAAACAGAGCCAAACAGATATCTGCTGATCGCAACTAGTGGAGGATTGAATCAGCAAAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020872
ATGAAAAGGCACAGAAGCGAATTCATCGGACTGCACATTCTAAACAATCTCATCATCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAGCTTCCTCCTCCCCTTGCTCTCCGCCGCCTGCGGCTGTTTGCTTCTTCTCTGCGCAGCTCTTTCCGTCATTCGCTGCCACCGCCTCCCTTCGAACACCTCAATTAAAGGAAGAAGCTCAGACCTTGAACCATGGAGTTCGATTCAATCGAATCGCTTTTATGGCTGCAGCAATGCCAGCAGTGA...
LOC131020872
ATGAAAACAGAGCCAAACAGATATCTGCTGATCGCAACTAGTGGAGGATTGAATCAGCAAAGAACTGGGATAACAGATGCTGTAGTTGCTGCCTACATCTTAAATGCGACCCTCATCGTGCCGAAGCTCGATCAAGATTCCTTCTGGAAGGATCCAAGCAACTTCTCCGACATCTTCGACGTGGATTGGTTCGTGTCGTACCTGTCTAAAGACGTTAAGATCATACAACGGCTACCCGAAGGAGAGGTAGGGGAAGTCAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805900.1
MKRHRSEFIGLHILNNLIIRRRRRRSFLLPLLSAACGCLLLLCAALSVIRCHRLPSNTSIKGRSSDLEPWSSIQSNRFYGCSNASSDFRTAEMKTEPNRYLLIATSGGLNQQRTGITDAVVAAYILNATLIVPKLDQDSFWKDPSNFSDIFDVDWFVSYLSKDVKIIQRLPEGEVGEVRTARVPRKCDATCYQSRILPIFKKKSAVQLTKFDYRLSNWLDQDLQKLRCRVNYHALRFTHPILQMGRKLVDRMRMKSNRFV...
XP_057805901.1
MKTEPNRYLLIATSGGLNQQRTGITDAVVAAYILNATLIVPKLDQDSFWKDPSNFSDIFDVDWFVSYLSKDVKIIQRLPEGEVGEVRTARVPRKCDATCYQSRILPIFKKKSAVQLTKFDYRLSNWLDQDLQKLRCRVNYHALRFTHPILQMGRKLVDRMRMKSNRFVALHLRYEPDMLAFSGCYYGGGERETRELGALRKRWKTLHTKDPDRERRQGKCLLTPAEIGLMLSALGFGDDVHVYVASGEIYGGEATVAPLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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