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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004021

染色体: Chr04 坐标: 55448555-55454161 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004021
名称SmilChr04G004021
描述serine/threonine-protein kinase STY46-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55448555 - 55454161 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020888
GeneID131020888
locus_tag-
NCBI NameLOC131020888
原始查询SmilChr04G004021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase STY46-like
产物serine/threonine-protein kinase STY46-like
ArabidopsisAT4G38470 (STY46)
ACT-like protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830003]
identity=71.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0544300 (OsACTPK3)
-
identity=69.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01842 (ACT); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020888

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805915.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057805915.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057805917.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805915.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805915.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55449494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:55450455 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 15 A22,A7,B106,B107,B135,B25,B32,B55,B6,B60,C29,C31,C52,C63,C80
Chr4:55450518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B47,B53,B97
Chr4:55451945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:55452356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr4:55453196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B55,C29
Chr4:55453422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr4:55453673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr4:55453686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B131
Chr4:55453793 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B11,B112,B118,B81
Chr4:55453793 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 4 B11,B112,B118,B81
Chr4:55453808 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 7 B139,B62,B80,C19,C37,C62,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805915.1
577 aa
N
1
288
577
ACT
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01842 ACT 172-225 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 285-533 aa PF00069 Pkinase 287-532 aa
XP_057805916.1
564 aa
N
1
282
564
ACT
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01842 ACT 172-225 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 285-533 aa PF00069 Pkinase 287-532 aa
XP_057805917.1
461 aa
N
1
230
461
ACT
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01842 ACT 69-122 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 182-430 aa PF00069 Pkinase 184-429 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805915.1 Pfam PF01842 ACT Domain 172 225 1.3e-06 28.8 ACT domain
XP_057805915.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 285 533 1.1e-73 248.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057805915.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 287 532 1.9e-58 198.7 Protein kinase domain
XP_057805916.1 Pfam PF01842 ACT Domain 172 225 1.2e-06 28.9 ACT domain
XP_057805916.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 285 533 1e-73 248.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057805916.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 287 532 1.8e-58 198.7 Protein kinase domain
XP_057805917.1 Pfam PF01842 ACT Domain 69 122 1.1e-06 29.0 ACT domain
XP_057805917.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 182 430 7.4e-74 249.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057805917.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 184 429 1.2e-58 199.3 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949932.1
CTTGTAGATGCTTCTTCACTTCAAGAGAGAGAGAGAAACGGATATGGATGAAGAAATAAACCAATTCAAAGCCCATATATAGCTCATCCATGAAATCCTTTTTAAATATATATTTTTGCATCAGTTGGTATCAATATGAAGTTTAATAATCTCGAGTTCGCAGCCGTCTCAAATCGGCATCTGCTACGTATAAATCCGCGTCCCCGGTGAAAATCTCATTTCTACGTAAACTGCAGCAGGTATCCGCATCTGAAAATCGA...
XM_057949933.1
CTTGTAGATGCTTCTTCACTTCAAGAGAGAGAGAGAAACGGATATGGATGAAGAAATAAACCAATTCAAAGCCCATATATAGCTCATCCATGAAATCCTTTTTAAATATATATTTTTGCATCAGTTGGTATCAATATGAAGTTTAATAATCTCGAGTTCGCAGCCGTCTCAAATCGGCATCTGCTACGTATAAATCCGCGTCCCCGGTGAAAATCTCATTTCTACGTAAACTGCAGCAGGTATCCGCATCTGAAAATCGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020888
ATGGTGATGGAAGATATAGGGAGCTGCGGAAGTACTAGGCGAGAGGAGAAACCGTCGTCGGCGAAGACGAGCCGGTTGCAGCAGAAGAAAGCGGAGGTTTACAATGAGGTTTTGCGGCGGCTCAAGGAAGTCGGACATTACGAAGCTCAGGAAATGGATTTCGATCATCAGCTTTGGGCTCATTTCAATCGCCTGCCTCCTAGGTACGCGATGGATGTGAACTTGGAGAGGGCGGAGGATGTTCTCACGCACAAGAGGCT...
LOC131020888
ATGGTGATGGAAGATATAGGGAGCTGCGGAAGTACTAGGCGAGAGGAGAAACCGTCGTCGGCGAAGACGAGCCGGTTGCAGCAGAAGAAAGCGGAGGTTTACAATGAGGTTTTGCGGCGGCTCAAGGAAGTCGGACATTACGAAGCTCAGGAAATGGATTTCGATCATCAGCTTTGGGCTCATTTCAATCGCCTGCCTCCTAGGTACGCGATGGATGTGAACTTGGAGAGGGCGGAGGATGTTCTCACGCACAAGAGGCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057805915.1
MVMEDIGSCGSTRREEKPSSAKTSRLQQKKAEVYNEVLRRLKEVGHYEAQEMDFDHQLWAHFNRLPPRYAMDVNLERAEDVLTHKRLLHLARDPANRPTFDVRLVQVVPASDGNLGDAAHSSSPRKDSIHPPPAFGSSPNLEALALQASKSEVQDGDIGADAVAKFRRPMHEITFSTIDRPKLLSQLTSLLAEVGLNIQEAHAFSTVDGYSLDVFVVDGWPFEEVEQLRTALEKEVLKTEKCSWPNLQSLPSLNEDKQIR...
XP_057805916.1
MVMEDIGSCGSTRREEKPSSAKTSRLQQKKAEVYNEVLRRLKEVGHYEAQEMDFDHQLWAHFNRLPPRYAMDVNLERAEDVLTHKRLLHLARDPANRPTFDVRLVQVVPASDGNLGDAAHSSSPRKDSIHPPPAFGSSPNLEALALQASKSEVQDGDIGADAVAKFRRPMHEITFSTIDRPKLLSQLTSLLAEVGLNIQEAHAFSTVDGYSLDVFVVDGWPFEEVEQLRTALEKEVLKTEKCSWPNLQSLPSLNEDKQIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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