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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004036

染色体: Chr04 坐标: 55595319-55601407 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004036
名称SmilChr04G004036
描述probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 23
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55595319 - 55601407 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020905
GeneID131020905
locus_tag-
NCBI NameLOC131020905
原始查询SmilChr04G004036

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 23
产物probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 23
ArabidopsisAT2G16920 (UBC23)
ubiquitin-conjugating enzyme 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816195]
identity=58.2; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0125900 (OsUBC34)
-
identity=49.7; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00179 (UQ_con); PF23043 (SH3-B_UBE2O); PF23044 (SH3-C_UBE2O); PF23046 (tSH3-B_UBE2O); PF23048 (SH3-A_UBE2O)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805932.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057805932.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805932.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805932.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805932.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55596463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B120
Chr4:55596900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr4:55596938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr4:55597066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B4,B97,C55
Chr4:55597150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B120
Chr4:55597300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,C81
Chr4:55597484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B11
Chr4:55597871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr4:55597929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B133,B8,C7
Chr4:55597963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:55598005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B118,B37
Chr4:55598062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805932.1
1126 aa
N
1
563
1126
SH3-A_UBE2O
tSH3-B_UBE2O
SH3-B_UBE2O
SH3-C_UBE2O
UQ_con
C
PF23048 SH3-A_UBE2O 47-153 aa PF23046 tSH3-B_UBE2O 210-341 aa PF23043 SH3-B_UBE2O 510-581 aa PF23044 SH3-C_UBE2O 640-684 aa PF00179 UQ_con 881-1011 aa
XP_057805933.1
1126 aa
N
1
563
1126
SH3-A_UBE2O
tSH3-B_UBE2O
SH3-B_UBE2O
SH3-C_UBE2O
UQ_con
C
PF23048 SH3-A_UBE2O 47-153 aa PF23046 tSH3-B_UBE2O 210-341 aa PF23043 SH3-B_UBE2O 510-581 aa PF23044 SH3-C_UBE2O 640-684 aa PF00179 UQ_con 881-1011 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805932.1 Pfam PF23048 SH3-A_UBE2O Domain 47 153 6e-06 27.6 UBE2O, N-terminal SH3-A domain
XP_057805932.1 Pfam PF23046 tSH3-B_UBE2O Domain 210 341 1.9e-45 154.6 UBE2O, tandem tSH3-B domain
XP_057805932.1 Pfam PF23043 SH3-B_UBE2O Domain 510 581 7e-22 78.3 UBE2O, SH3-B domain
XP_057805932.1 Pfam PF23044 SH3-C_UBE2O Domain 640 684 4.1e-08 33.7 UBE2O, ubiquitin binding SH3-C domain
XP_057805932.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 881 1011 1.6e-19 70.6 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057805933.1 Pfam PF23048 SH3-A_UBE2O Domain 47 153 6e-06 27.6 UBE2O, N-terminal SH3-A domain
XP_057805933.1 Pfam PF23046 tSH3-B_UBE2O Domain 210 341 1.9e-45 154.6 UBE2O, tandem tSH3-B domain
XP_057805933.1 Pfam PF23043 SH3-B_UBE2O Domain 510 581 7e-22 78.3 UBE2O, SH3-B domain
XP_057805933.1 Pfam PF23044 SH3-C_UBE2O Domain 640 684 4.1e-08 33.7 UBE2O, ubiquitin binding SH3-C domain
XP_057805933.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 881 1011 1.6e-19 70.6 Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949949.1
GCGTGATATTCCCTCTCAACTTTTTTCAGCTATATACATATTCATATTCATATACATATACATATATACACACATTCTTCTTAATAGGATCAACGCGGAGAGCCGCCCGTTTTTCAATTTTTTCAATTAATTAAAAATTTTCGTCTGCTCGATTTTAAGATGGAATCTGAGCAGCAATCTGATGTTTTGGATGCAAATGAACGTACAAATACCGACTGTAAAGCAACCTCAGAAGAAAGCAATTCCTATGAAAATAAACC...
XM_057949950.1
GCGTGATATTCCCTCTCAACTTTTTTCAGCTATATACATATTCATATTCATATACATATACATATATACACACATTCTTCTTAATAGGATCAACGCGGAGAGCCGCCCGTTTTTCAATTTTTTCAATTAATTAAAAATTTTCGTCTGCTCGATTTTAAGATGGAATCTGAGCAGCAATCTGATGTTTTGGATGCAAATGAACGTACAAATACCGACTGTAAAGCAACCTCAGAAGAAAGCAATTCCTATGAAAATAAACC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020905
ATGGAATCTGAGCAGCAATCTGATGTTTTGGATGCAAATGAACGTACAAATACCGACTGTAAAGCAACCTCAGAAGAAAGCAATTCCTATGAAAATAAACCTGGAGAGATCCTCAAGAACTTGCAGAATGTCTTGTATATCTATAGACAAGATGTCATCAGAAGCAAAACTAAGGCTCAAATTGGTATAGTGACTGAAGTTGCTGGGGATTCAGATTCGGATAGCAGCATGACTGATGATGAAGATGAAGAAGAAGAAGA...
LOC131020905
ATGGAATCTGAGCAGCAATCTGATGTTTTGGATGCAAATGAACGTACAAATACCGACTGTAAAGCAACCTCAGAAGAAAGCAATTCCTATGAAAATAAACCTGGAGAGATCCTCAAGAACTTGCAGAATGTCTTGTATATCTATAGACAAGATGTCATCAGAAGCAAAACTAAGGCTCAAATTGGTATAGTGACTGAAGTTGCTGGGGATTCAGATTCGGATAGCAGCATGACTGATGATGAAGATGAAGAAGAAGAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805932.1
MESEQQSDVLDANERTNTDCKATSEESNSYENKPGEILKNLQNVLYIYRQDVIRSKTKAQIGIVTEVAGDSDSDSSMTDDEDEEEEEEIDNEKDDEADFNEEGDLENDKNSVENAVDSNESNDSKNNPLTADQVRVLWMDGAETTETTNDVEVIDRGFLHGDYVAAASDPTGQIGIVVDVNISVDLLTHDGSVIRDKPSRDLKRIRDFTIGDHVVLGPWLGRIEDVFDNVTVQLDDGSVCRVMKADPLHLKPVGKNILED...
XP_057805933.1
MESEQQSDVLDANERTNTDCKATSEESNSYENKPGEILKNLQNVLYIYRQDVIRSKTKAQIGIVTEVAGDSDSDSSMTDDEDEEEEEEIDNEKDDEADFNEEGDLENDKNSVENAVDSNESNDSKNNPLTADQVRVLWMDGAETTETTNDVEVIDRGFLHGDYVAAASDPTGQIGIVVDVNISVDLLTHDGSVIRDKPSRDLKRIRDFTIGDHVVLGPWLGRIEDVFDNVTVQLDDGSVCRVMKADPLHLKPVGKNILED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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