Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004043`

染色体: Chr04 坐标: 55655543-55661804 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004043`
名称	SmilChr04G004043
描述	cyclin-T1-4-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55655543 - 55661804 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020913`
GeneID	`131020913`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020913`
原始查询	`SmilChr04G004043`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cyclin-T1-4-like
产物	cyclin-T1-4-like
Arabidopsis	`AT4G19600` (CYCT1;4) Cyclin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827702] identity=45.5; qcov=0.572; evalue=3.63e-55; confidence=medium
Rice	`Os11g0157100` (CycT1) - identity=49.4; qcov=0.472; evalue=5.71e-56; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0008024 (cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex); GO:0032786 (positive regulation of DNA-templated transcription, elongation); GO:0061575 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity)
KEGG	smil03250 (Viral life cycle - HIV-1 - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00134 (Cyclin_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057805944.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057805944.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805944.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805944.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805944.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55660314`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,C14,C34
`Chr4:55660687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,C81
`Chr4:55660779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805944.1

399 aa

200

399

Cyclin_N

PF00134 Cyclin_N 185-307 aa

XP_057805945.1

369 aa

184

369

Cyclin_N

PF00134 Cyclin_N 185-307 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805944.1`	Pfam	`PF00134`	Cyclin_N	Domain	185	307	2.8e-17	63.4	Cyclin, N-terminal domain
`XP_057805945.1`	Pfam	`PF00134`	Cyclin_N	Domain	185	307	2.4e-15	57.1	Cyclin, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949961.1
TCACGCAAAATACAACGAGCATTCTTTTTCAGTTTTTTGCTAAAAGAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAATTACTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATTCTTCTCTTTTCTTGCTTTCTTTCCTTCCTCATTCTGCAGCCCTAATATGAAAGCAAACAATTCAATCAATTCAGTTTATTTATAACATCAAATTCAGCTGCGATTATCGTTTAGATCTTTGCGCTAGCCTTGCTGTTCAGGAAT...

XM_057949962.1
TTAAAACCACAATTCCTCTACAAATTATTTGTTCTTTTAGTATTAAAAAAAGAAAAGAAAAAAGGCCAAATTCACGCAAAATACAACGAGCATTCTTTTTCAGTTTTTTGCTAAAAGAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAATTACTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATTCTTCTCTTTTCTTGCTTTCTTTCCTTCCTCATTCTGCAGCCCTAATATGAAAGCAAACAATTCAATCAATTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020913
ATGTCTCTTGCACGGCCTCACCGGCCACGAGATGGTCATTTCCGAAGTGATGGTAGGTCGTCTTATGGTAGAATGAGAACGACAGCTGCTGCTAACTACGAGTGGAGCCACGATCGCCCCTCCGATTCAAACTTTTATACGAAGAATCACGGTTCATCTTGTGACTTCTCTCGGGACTTCATGCTGGATAGACCTAAGTATGAACATGTCTGGCCTGATGTTGTACCGCCTTCAAAGAGGAGGAAGGTCTTGGATTTCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057805944.1
MSLARPHRPRDGHFRSDGRSSYGRMRTTAAANYEWSHDRPSDSNFYTKNHGSSCDFSRDFMLDRPKYEHVWPDVVPPSKRRKVLDFSHESTGRPYQQSLSHENGLENLAGIWQHVPPLYATAYCSVPSVCNNSSAATAGTRPDDASTYSSTTSKRDRSKYEDDEEVVFMSRDEIERCSPSRKDGIDLMHETHLRYSYCAFLQNLGVRLDLPQTTIGTAMVVCHRFFVRRSHASHDRFLIATAALFLASKSEETPRPLNDV...

XP_057805945.1
MSLARPHRPRDGHFRSDGRSSYGRMRTTAAANYEWSHDRPSDSNFYTKNHGSSCDFSRDFMLDRPKYEHVWPDVVPPSKRRKVLDFSHESTGRPYQQSLSHENGLENLAGIWQHVPPLYATAYCSVPSVCNNSSAATAGTRPDDASTYSSTTSKRDRSKYEDDEEVVFMSRDEIERCSPSRKDGIDLMHETHLRYSYCAFLQNLGVRLDLPQTTIGTAMVVCHRFFVRRSHASHDRFLIATAALFLASKSEETPRPLNDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器