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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004044

染色体: Chr04 坐标: 55666428-55667638 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004044
名称SmilChr04G004044
描述probable membrane-associated kinase regulator 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55666428 - 55667638 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020915
GeneID131020915
locus_tag-
NCBI NameLOC131020915
原始查询SmilChr04G004044

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable membrane-associated kinase regulator 1
产物probable membrane-associated kinase regulator 1
ArabidopsisAT5G26230 (MAKR1)
membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832692]
identity=46; qcov=1.02; evalue=1.11e-54; confidence=high
RiceOs05g0390600
-
identity=37.1; qcov=1.06; evalue=3.09e-25; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0019210 (kinase inhibitor activity)
KEGG-
PfamPF30743 (BKI1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020915

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805946.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057805946.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805946.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805946.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805946.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55666717 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 5 B12,B88,C28,C30,C75
Chr4:55666717 T TC 1bp_insertion CDS_variant 5 B12,B88,C28,C30,C75
Chr4:55666909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr4:55666963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr4:55666982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B86,C25,C31
Chr4:55667130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr4:55667142 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 45 A2,A21,A8,B1,B101,B109,B113,B12,B120,B124,B130,B134,B136,B21,B24,B29,B31,B32,B33,B35,B40,B46,B60,B67,B68,B73,B87,C12,C13,C15,C26,C48,C53,C54,C56,C60,C61,C65,C72,C76,C78,C82,C87,D1,D3
Chr4:55667145 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 47 A2,A20,A21,A8,B1,B101,B109,B113,B12,B120,B124,B130,B134,B136,B21,B24,B29,B31,B32,B33,B35,B40,B46,B60,B67,B68,B73,B85,B87,C12,C13,C15,C26,C48,C53,C54,C56,C60,C61,C65,C72,C76,C78,C82,C87,D1,D3
Chr4:55667316 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B62
Chr4:55667316 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B62
Chr4:55667347 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B135,B140
Chr4:55667354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805946.1
321 aa
N
1
160
321
BKI1
BKI1
C
PF30743 BKI1 17-204 aa PF30743 BKI1 226-315 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805946.1 Pfam PF30743 BKI1 Family 17 204 8.6e-22 78.7 BRI1 kinase inhibitor 1
XP_057805946.1 Pfam PF30743 BKI1 Family 226 315 8.6e-22 78.7 BRI1 kinase inhibitor 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949963.1
TCCCTACGCCCATAAATTCATGCAACCCACACCCCCTCCCACACTACCCCAAAACTCCCCGATGATGTAGCCGCGCCACCACTCCGCCGCCGCCATGGGCCACCGCCGCCTCCGCCCCACCACCAAGTCCTACACCCTCCCCTCCTCCCCCACCCACTCCTTCTCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCGACTTCGAATTCACCGTCTCCCTCTCCCCCCGCAAATCCTCCGCCGCCGACCTCTGCCCCGCCGACGACCTCTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020915
ATGGGCCACCGCCGCCTCCGCCCCACCACCAAGTCCTACACCCTCCCCTCCTCCCCCACCCACTCCTTCTCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCGACTTCGAATTCACCGTCTCCCTCTCCCCCCGCAAATCCTCCGCCGCCGACCTCTGCCCCGCCGACGACCTCTTCTACAAGGGGCAGCTCCTCCCCCTCCACCCCTCCCCCCGCCTCTCCATGGTCCGCACCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCACCTCCTCCTCCTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805946.1
MGHRRLRPTTKSYTLPSSPTHSFSSSSASSDFEFTVSLSPRKSSAADLCPADDLFYKGQLLPLHPSPRLSMVRTLLLSSSSTSSSSDTTTTASRDSTASSDSSSADLLHPDSARPSSATDDELKHLTPHPTTPPKKPSKYFSLPKLFRKDNATAASAAGGGGTVKRVSSGAREVILKYLKKVKPLYEKLSQKQPQQKASRISSSTNTVVAVTLVKDYKSQELLSHQKEEIDAAVTHSFSGNLRLYNRRRSCFSSCPPSMG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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