Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004051

染色体: Chr04 坐标: 55689663-55694061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004051
名称SmilChr04G004051
描述protein phosphatase 2C 70
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55689663 - 55694061 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020920
GeneID131020920
locus_tag-
NCBI NameLOC131020920
原始查询SmilChr04G004051

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein phosphatase 2C 70
产物protein phosphatase 2C 70
ArabidopsisAT5G19280 (KAPP)
kinase associated protein phosphatase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832048]
identity=54.5; qcov=0.895; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0211400 (OsKAPP)
-
identity=49; qcov=0.914; evalue=1.51e-175; confidence=high
GOGO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG-
PfamPF00481 (PP2C); PF00498 (FHA); PF13672 (PP2C_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020920

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057805954.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057805954.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057805955.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057805955.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057805955.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55689904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr4:55689927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr4:55689952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C59
Chr4:55689975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:55690013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:55690389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C81
Chr4:55690396 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B80
Chr4:55690396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr4:55690612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:55690636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr4:55690638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:55690908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B49,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805954.1
616 aa
N
1
308
616
FHA
PP2C
PP2C_2
C
PF00498 FHA 233-309 aa PF00481 PP2C 340-594 aa PF13672 PP2C_2 369-473 aa
XP_057805955.1
628 aa
N
1
314
628
FHA
PP2C
PP2C_2
C
PF00498 FHA 245-321 aa PF00481 PP2C 352-606 aa PF13672 PP2C_2 381-485 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805954.1 Pfam PF00498 FHA Family 233 309 9.8e-15 55.5 FHA domain
XP_057805954.1 Pfam PF00481 PP2C Family 340 594 3.7e-45 155.3 Protein phosphatase 2C
XP_057805954.1 Pfam PF13672 PP2C_2 Family 369 473 7.7e-06 26.4 Protein phosphatase 2C
XP_057805955.1 Pfam PF00498 FHA Family 245 321 9.7e-15 55.5 FHA domain
XP_057805955.1 Pfam PF00481 PP2C Family 352 606 3.8e-45 155.3 Protein phosphatase 2C
XP_057805955.1 Pfam PF13672 PP2C_2 Family 381 485 8.1e-06 26.3 Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949972.1
TAAGAAAGATTTGGACAGAGAAAAATAAAACAAAGAAGAAAAAAATGCGACCATTTCAAAGCGGCCTTCTCGCAGAGGCTACACAAACAGTCACGCAGTATTGTTGGTTGGTATGGTTGGTTGCAATCCCAATTTTCCTCATAAAAAAAACATGAAAAATGGGCCAATTTTCTCTCTCATCGATTTTCTAGTGAGAGAAAACCATCTCAGTAACACTCCGATGGAGAAGGCGATGCGCTTTACCAGCATTCTCACATCGT...
XM_057949971.1
CATTTCAAAGCGGCCTTCTCGCAGAGGCTACACAAACAGTCACGCAGTATTGTTGGTTGGTATGGTTGGTTGCAATCCCAATTTTCCTCATAAAAAAAACATGAAAAATGGGCCAATTTTCTCTCTCATCGATTTTCTAGTGAGAGAAAACCATCTCAGTAACACTCCGATGGAGAAGGCGATGCGCTTTACCAGCATTCTCACATCGTCATCGGCGTTGGGTATTGCCTTGCTGATTCTTATGCTTTTGCTCGTCCTAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020920
ATGGTTGGTTGCAATCCCAATTTTCCTCATAAAAAAAACATGAAAAATGGGCCAATTTTCTCTCTCATCGATTTTCTAGTGAGAGAAAACCATCTCAGTAACACTCCGATGGAGAAGGCGATGCGCTTTACCAGCATTCTCACATCGTCATCGGCGTTGGGTATTGCCTTGCTGATTCTTATGCTTTTGCTCGTCCTAATCCTCATCTTCATCGCCTGCAAGTTCCGACCATGGACCCGCTTCCTCTCCGCCTCCACCGC...
LOC131020920
ATGGTTGGTTGCAATCCCAATTTTCCTCATAAAAAAAACATGAAAAATGGGCCAATTTTCTCTCTCATCGATTTTCTAGTGAGAGAAAACCATCTCAGTAACACTCCGATGGAGAAGGCGATGCGCTTTACCAGCATTCTCACATCGTCATCGGCGTTGGGTATTGCCTTGCTGATTCTTATGCTTTTGCTCGTCCTAATCCTCATCTTCATCGCCTGCAAGTTCCGACCATGGACCCGCTTCCTCTCCGCCTCCACCGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805954.1
MVGCNPNFPHKKNMKNGPIFSLIDFLVRENHLSNTPMEKAMRFTSILTSSSALGIALLILMLLLVLILIFIACKFRPWTRFLSASTAAAARRRTPASIRVDDIERPLVSGDLSSVESDESHPSEQGRQTQGSYTSGHAVLATPKQRLPPTSSQPSHENSLVGQTLQRPLATSLFPEDRKNEKRGDSYSQKHGPNSVPSHTANQGSILKLEVVSGPARGLQYSVKSTNVTELPVTIGRVSPGDVILKDSEVSGKHAMINWN...
XP_057805955.1
MVGCNPNFPHKKNMKNGPIFSLIDFLVRENHLSNTPMEKAMRFTSILTSSSALGIALLILMLLLVLILIFIACKFRPWTRFLSASTAAAARRRTPASIRVDDIERPLVSGDLSSVESDESHPSEQGRQTQGSYTSGHAVLATPKQRLPPTSSQPSHDDIIILDIPNTSENSLVGQTLQRPLATSLFPEDRKNEKRGDSYSQKHGPNSVPSHTANQGSILKLEVVSGPARGLQYSVKSTNVTELPVTIGRVSPGDVILKDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器