Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004056`

染色体: Chr04 坐标: 55714560-55716510 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004056`
名称	SmilChr04G004056
描述	peroxiredoxin-2F, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55714560 - 55716510 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020924`
GeneID	`131020924`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020924`
原始查询	`SmilChr04G004056`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peroxiredoxin-2F, mitochondrial
产物	peroxiredoxin-2F%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G06050` (PRXIIF) peroxiredoxin IIF [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819778] identity=71.1; qcov=1.01; evalue=4.66e-102; confidence=high
Rice	`Os01g0266600` (OsPrxII) - identity=70.6; qcov=0.99; evalue=1.02e-100; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0008379 (thioredoxin peroxidase activity); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process); GO:0045454 (cell redox homeostasis)
KEGG	-
Pfam	PF00578 (AhpC-TSA); PF08534 (Redoxin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020924

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057805958.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057805958.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805958.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805958.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805958.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55716249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C59
`Chr4:55716286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr4:55716296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C65
`Chr4:55716344`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805958.1

199 aa

100

199

AhpC-TSA

Redoxin

PF00578 AhpC-TSA 40-153 aa PF08534 Redoxin 41-196 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805958.1`	Pfam	`PF00578`	AhpC-TSA	Domain	40	153	2.1e-09	38.1	AhpC/TSA family
`XP_057805958.1`	Pfam	`PF08534`	Redoxin	Domain	41	196	2.8e-24	86.3	Redoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949975.1
AACAAAAGAGACTTTAGCTTTCACCTATTTGGTGTAGAGCTAAAACGCGAAACGTATATATCCTCTCATTTCTCTCTGCAAAAAGTAACCATTAAAAAAAAAGTCGAAGAGGAAATCACAAGACGAAAATGGCTATGGCTTCCTCTGCATTGCTGAAGCGAACGTCGGTGATGAAGTCGGTGATCGGCGGTCTCCAAGCATCACGGGATTTCGCGTCGATTGCAGTGGGCTCGGACTTGATATCGGCCGCTCCGGATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020924
ATGGCTATGGCTTCCTCTGCATTGCTGAAGCGAACGTCGGTGATGAAGTCGGTGATCGGCGGTCTCCAAGCATCACGGGATTTCGCGTCGATTGCAGTGGGCTCGGACTTGATATCGGCCGCTCCGGATATTTCCCTCCAGCGAGCTCGCTCCTGGGACGACGGCGTTTCGTCCAAATTCGCCACTACTCCACTCAGAGACATTTTCAAGGGCAAGAAAGTTGTTATCTTTGGGCTTCCGGGAGCCTACACTGGAGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805958.1
MAMASSALLKRTSVMKSVIGGLQASRDFASIAVGSDLISAAPDISLQRARSWDDGVSSKFATTPLRDIFKGKKVVIFGLPGAYTGVCSAQHVPSYKRNIDNFKAKGIDSVVCVAVNDPYVINGWAEKLQAKEAIEFYGDFDGSFHKKLDLMIDLSAALLGPRSHRWSAYVDDGKIKALNVEKAPSEFEVSGADAILGQI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器