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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004062

染色体: Chr04 坐标: 55766855-55771217 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004062
名称SmilChr04G004062
描述DUF21 domain-containing protein At4g14240
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55766855 - 55771217 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020932
GeneID131020932
locus_tag-
NCBI NameLOC131020932
原始查询SmilChr04G004062

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF21 domain-containing protein At4g14240
产物DUF21 domain-containing protein At4g14240
ArabidopsisAT4G14240 (AT4G14240)
CBS domain protein with a domain protein (DUF21) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827065]
identity=77; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0395300 (OsCBSDUF1)
-
identity=75.5; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
GOGO:0010960 (magnesium ion homeostasis); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF01595 (CNNM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057805964.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805964.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805964.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805964.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805964.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55767094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B37,C14
Chr4:55767122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr4:55767259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B75,C36
Chr4:55767294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C4
Chr4:55769217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B51,D2
Chr4:55770268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B75,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805964.1
493 aa
N
1
246
493
CNNM
C
PF01595 CNNM 44-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805964.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 44 215 8.4e-34 117.5 Cyclin M transmembrane N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949981.1
ATTAATAATTTATTTTCTAAAAAAAATAATAATCATTCTGACATACCCTGCAAATCCCACCCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACATCTGAATATCTCTCACACACGTAGACTCGAGGCGGATATTGACACTGGTGGGCAGCGATCACCACGAACGTGCGGGTCTGAATTCGAGCCGGAATTCGGCGAGGGGGAAGAATTATGCACTTTGTAAATGCGGCGGCGCTGCTCTCGATAGCGTTGAAGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020932
ATGCACTTTGTAAATGCGGCGGCGCTGCTCTCGATAGCGTTGAAGAACGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGGATGTTAGGATCGGAGATAGAGTTCGGCGACGTGTGGTGGTACGTCTACGCGGGAATATCGTGCCTATTGGTGATGTTCGCGGGGGTAATGTCGGGGCTCACGCTGGGACTCATGTCGCTGGGCCTCGTCGAGCTCGAGATCCTCCAGCGCAGCGGCACCCCCTCCGAGAAGAAACAGGCTGCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805964.1
MHFVNAAALLSIALKNGGGGGGGGGMLGSEIEFGDVWWYVYAGISCLLVMFAGVMSGLTLGLMSLGLVELEILQRSGTPSEKKQAARIFPVVQKQHQLLVTLLLCNAGAMEALPLYLDKIFNQYVAIILSVTFVLFFGEVIPQAICTRYGLAVGANFVWLVRFLMVICYPIAYPIGKVLDLVLGHNDALFRRAQLKALVSIHSQEAGKGGELTHDETTIISGALDLTEKTAEEAMTPIESTFSLDVNSKLDWEAIGKVLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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