Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004091

染色体: Chr04 坐标: 55912895-55916896 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004091
名称SmilChr04G004091
描述uncharacterized SmilChr04G004091
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55912895 - 55916896 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020965
GeneID131020965
locus_tag-
NCBI NameLOC131020965
原始查询SmilChr04G004091

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述adenylyl cyclase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827241]; symbol=AT4G15640; hit=AT4G15640; species=arabidopsis; confidence=high
产物adenylyl cyclase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827241]; symbol=AT4G15640; hit=AT4G15640; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G15640 (AT4G15640)
adenylyl cyclase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827241]
identity=52.8; qcov=0.796; evalue=2.83e-126; confidence=high
RiceOs07g0668200 (P0450A04.139)
-
identity=55.9; qcov=0.716; evalue=4.32e-117; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020965

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806004.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806004.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806004.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806004.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806004.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55913232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A25,B100,B6,C67
Chr4:55913463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr4:55913505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:55914488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B12,B137,C61,C78
Chr4:55915695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B12,B137,C61,C78
Chr4:55915883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr4:55915935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,D8
Chr4:55916120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,D8
Chr4:55916665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950021.1
AAAAAAGAAGAAGCAAGCAGTAACTCAAATATCGAATTTTTAGAAAGAAAAAAATTCAGTCTTTTCTTCCACAACAGCAGTGAGAAATCGCCCCCATTTTTGATTAAACGCAGTTGTGGAATCAGCTCTTTGCTGAATGTATGAAAAAATGCAAGCCATTGGATTGCTAACGCGTAGGTCGATTAGGGTTTTGAGAAACCCTCCGCCGAGTTTGCTCAACTCAGTGTCGACGGAACGAGTCGACTCGTGTTGTGAATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020965
ATGTATGAAAAAATGCAAGCCATTGGATTGCTAACGCGTAGGTCGATTAGGGTTTTGAGAAACCCTCCGCCGAGTTTGCTCAACTCAGTGTCGACGGAACGAGTCGACTCGTGTTGTGAATTCAGCTCACCGCGCCGCGGCTTTCACTCCGCAGCGTTTTCATCAGGGAATATGCACGGTGGTTTTTCAAATGTTGAATTATATAATCGGAGAGATAAAATACAAATCCCACCATCATCAATGGTGACACCAAGCAGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806004.1
MYEKMQAIGLLTRRSIRVLRNPPPSLLNSVSTERVDSCCEFSSPRRGFHSAAFSSGNMHGGFSNVELYNRRDKIQIPPSSMVTPSRLFSSEAAGSGNDSAADETVKEIYDKVLDSVVKTRTAPPNAWLWSLIAKCSTTEDIKLLFDILPKLRTFRLSNLKIHNDFNIALCRAVTKACVRAGAIDFGMKALWKHNLYGLTPDIGCAHQLLLHAKEHNDAKLMVKVIKAVLKNDLPLQPGTADIVFSICCNTDRWDLITKNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器