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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004095

染色体: Chr04 坐标: 55938388-55940824 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004095
名称SmilChr04G004095
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55938388 - 55940824 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020968
GeneID131020968
locus_tag-
NCBI NameLOC131020968
原始查询SmilChr04G004095

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G08070 (OTP82)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837325]
identity=56; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0218100
-
identity=37.2; qcov=1.01; evalue=3.25e-161; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020968

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806009.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057806009.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806009.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806009.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806009.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55938402 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B54,B71,C13
Chr4:55938402 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 3 B54,B71,C13
Chr4:55938443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr4:55938444 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B54,B71
Chr4:55938444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B71
Chr4:55938445 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B54,B71
Chr4:55938445 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 2 B54,B71
Chr4:55938475 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B54
Chr4:55938475 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B54
Chr4:55938480 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B54,B71
Chr4:55938480 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 B54,B71
Chr4:55938535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B52,B80,B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806009.1
741 aa
N
1
370
741
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 92-140 aa PF01535 PPR 95-124 aa PF01535 PPR 167-189 aa PF12854 PPR_1 190-219 aa PF01535 PPR 196-220 aa PF12854 PPR_1 224-252 aa PF13041 PPR_2 224-256 aa PF01535 PPR 227-256 aa PF01535 PPR 309-335 aa PF13041 PPR_2 335-382 aa PF01535 PPR 337-363 aa PF01535 PPR 410-436 aa PF13041 PPR_2 439-485 aa PF01535 PPR 440-469 aa PF01535 PPR 475-502 aa PF01535 PPR 512-538 aa PF20431 E_motif 554-616 aa PF14432 DYW_deaminase 668-741 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806009.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 92 140 2.9e-67 223.3 PPR repeat family
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 95 124 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 189 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 190 219 2.8e-46 155.6 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 196 220 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 224 252 2.8e-46 155.6 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 224 256 2.9e-67 223.3 PPR repeat family
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 227 256 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 309 335 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 335 382 2.9e-67 223.3 PPR repeat family
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 337 363 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 410 436 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 439 485 2.9e-67 223.3 PPR repeat family
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 469 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 475 502 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 512 538 1.8e-65 213.4 PPR repeat
XP_057806009.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 554 616 3.8e-21 75.8 E motif
XP_057806009.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 668 741 6.3e-35 119.6 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950026.1
TGTTGTTATGTGCTGATTTAGGGACAGCTGAGAATTCGAAGTTCATTGCTACAATTCTTGGTTGTTTTGCAAGTGTTGAAGTAATTTCCCACTTAAATCATGTATTTATTTGTGTTTTTTGCAGGAATTTGGTAGTCTAATTTGAACATGAAGAAACTATGTTGAGTTGTTAAGGCTGTAGTGAAGTAAGAGTGGATTTTCAAGATATGATATGGCTAGTGTAGCACCATTGCTGCCCTCAGATCCCTTACATTTCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020968
ATGGCTAGTGTAGCACCATTGCTGCCCTCAGATCCCTTACATTTCCTCCCCGGCTCGTTTGATCCGCCCTACGAGCTCATCCACGCCCACCCGTCCCTCGCCCTCCTCTCCAAATGCAAGAGTCTAGACACCTTTAGGCTAATCCACTGCCATTTCATCAAGTTCGGCCTCCACAACACGCAGTTTGCGCTGAGCAAACTCGTGGAGTTTTGTGCCGTTAGCCCCCACGGGGACCTCCCCTATGCCGTCTCAATCCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806009.1
MASVAPLLPSDPLHFLPGSFDPPYELIHAHPSLALLSKCKSLDTFRLIHCHFIKFGLHNTQFALSKLVEFCAVSPHGDLPYAVSILNSIHNPNHVIYNMMIRGYSLSSSPSLALNCYANMLVLGLHPNSYTFPFLLKCCTRLPALDAGKQVHGQVLKFGLVDDVYAHTSLINMYAQHGALSDARMVFDKGGYRDAVSFTALITGYASRGRVDEARELFDAIPVRDVVSWNAMMSGYAQTGRFDEALSLFHEMMKQGKQGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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