Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004098`

染色体: Chr04 坐标: 55955085-55963109 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004098`
名称	SmilChr04G004098
描述	UDP-glucosyltransferase 29-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55955085 - 55963109 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020973`
GeneID	`131020973`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020973`
原始查询	`SmilChr04G004098`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glucosyltransferase 29-like
产物	UDP-glucosyltransferase 29-like
Arabidopsis	`AT5G49690` (AT5G49690) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032] identity=31.5; qcov=1.07; evalue=2.67e-61; confidence=low
Rice	`Os07g0672700` - identity=43.3; qcov=1.06; evalue=1.13e-111; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020973

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806013.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057806013.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806013.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806013.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806013.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55955457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B113,B130,C36
`Chr4:55955482`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr4:55955487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr4:55955503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr4:55955552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr4:55955588`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,D11
`Chr4:55955593`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B21,B54,C15
`Chr4:55955641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:55955686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B65,C34,C43,C52
`Chr4:55955746`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:55955752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:55955798`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A19,A4,B109,B86,C13,C31,C35,C4,C46,C72,C78,D10,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806013.1

442 aa

221

442

Glyco_transf_N

UDPGT

PF26168 Glyco_transf_N 9-237 aa PF00201 UDPGT 260-383 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806013.1`	Pfam	`PF26168`	Glyco_transf_N	Domain	9	237	1.9e-15	58.2	Glycosyltransferase, N-terminal domain
`XP_057806013.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	260	383	4.3e-21	76.0	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950030.1
AATGTATTCAATTCTTTCCATCTTCCTCCAAATTAAACTTCTCTTCATATATATCCCCTTTATACAAACATCAAACTTATATTTCTGCAAAACCCATAGAATCAACAAAAAAAAAAAAACCTAATTTTACTCAAAAAAGCAAAAAAATGGATTCCAATTCCAAAACTTTGAAAATCCTAATGTTTCCATTCATAGCTCACGGACACATCACCCCCTTTCTCGAACTGGCGAAGAAGCTTTCTTCCAGAAACTTCCACATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020973
ATGGATTCCAATTCCAAAACTTTGAAAATCCTAATGTTTCCATTCATAGCTCACGGACACATCACCCCCTTTCTCGAACTGGCGAAGAAGCTTTCTTCCAGAAACTTCCACATCTACTTCTGCTCCACTTCAGTCAACCTCGACTTCATCAAAGACACCCTCACCGGAGATTCCTCGTACAGAATCGAACCGGTCGAGCTGCATCTCCCTTCTCTCCCTCAGCTCCCGCCGAAATTCCACACCACCAAGAACATCCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806013.1
MDSNSKTLKILMFPFIAHGHITPFLELAKKLSSRNFHIYFCSTSVNLDFIKDTLTGDSSYRIEPVELHLPSLPQLPPKFHTTKNIPPHLRPLLMQAFQQSSSSFSTLLSKLSPNLLIYDVLQPWAAKLAAAEGIPAVLFFTGGAAAGSLLHHWHSRGGSFEDFPFEELSLREHEKRGLVASKRFVKVEDEELGFLFGVFELSRDVVLIKSCRGVEGKYMDYLSTLCERKLVATGPLITRGGDGGGEIMEWLSMRERGSTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器