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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004104

染色体: Chr04 坐标: 56008197-56013169 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004104
名称SmilChr04G004104
描述uncharacterized SmilChr04G004104
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56008197 - 56013169 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020980
GeneID131020980
locus_tag-
NCBI NameLOC131020980
原始查询SmilChr04G004104

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OJ1092_A07.126; symbol=OJ1092_A07.126; hit=Os07g0568200; species=rice; confidence=medium
产物OJ1092_A07.126; symbol=OJ1092_A07.126; hit=Os07g0568200; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT2G47820 (AT2G47820)
arginine-glutamic acid dipeptide repeat protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819394]
identity=35.9; qcov=0.911; evalue=7.84e-122; confidence=medium
RiceOs07g0568200 (OJ1092_A07.126)
-
identity=45.5; qcov=0.569; evalue=3.42e-126; confidence=medium
GOGO:0003714 (transcription corepressor activity); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF24662 (DUF7650); PF25826 (DUF7952)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806026.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806026.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806026.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806026.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057806026.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56009791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:56009841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B101,B24,B35
Chr4:56010263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C17
Chr4:56010453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,C20,C72
Chr4:56010477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr4:56011073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr4:56011159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B101,B24,B35
Chr4:56011510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B4
Chr4:56011543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,D8
Chr4:56011674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B101,B24,B35
Chr4:56011824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,C19,C34,C58,D5
Chr4:56011884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806026.1
842 aa
N
1
421
842
DUF7952
DUF7650
C
PF25826 DUF7952 167-297 aa PF24662 DUF7650 333-420 aa
XP_057806027.1
842 aa
N
1
421
842
DUF7952
DUF7650
C
PF25826 DUF7952 167-297 aa PF24662 DUF7650 333-420 aa
XP_057806028.1
842 aa
N
1
421
842
DUF7952
DUF7650
C
PF25826 DUF7952 167-297 aa PF24662 DUF7650 333-420 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806026.1 Pfam PF25826 DUF7952 Domain 167 297 2.2e-59 200.0 Domain of unknown function (DUF7952)
XP_057806026.1 Pfam PF24662 DUF7650 Domain 333 420 2.7e-45 153.0 Domain of unknown function (DUF7650)
XP_057806027.1 Pfam PF25826 DUF7952 Domain 167 297 2.2e-59 200.0 Domain of unknown function (DUF7952)
XP_057806027.1 Pfam PF24662 DUF7650 Domain 333 420 2.7e-45 153.0 Domain of unknown function (DUF7650)
XP_057806028.1 Pfam PF25826 DUF7952 Domain 167 297 2.2e-59 200.0 Domain of unknown function (DUF7952)
XP_057806028.1 Pfam PF24662 DUF7650 Domain 333 420 2.7e-45 153.0 Domain of unknown function (DUF7650)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950043.1
CATTATATAAGAAAGAAAAAAGAATTAAGTAATAGCAACAAAGCAATCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGCAACAAGCAAAAAACTCTCCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCGATTTAATTTACCCCCATGAGAACTCTGCTCACATAGAAGACAACAAAGCCGCTCCACACGTTGCCCGCTATGTCTTCATTTGCTCCACATCAGAATGGAGATTGTGTTGATGGCGTTCCTGTTAAGGAGTATGACGA...
XM_057950045.1
ATTAAGTAATAGCAACAAAGCAATCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGCAACAAGCAAAAAACTCTCCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCGATTTAATTTACCCCCATGAGAACTCTGCTCACATAGAAGACAACAAAGATGTCTTCATTTGCTCCACATCAGAATGGAGATTGTGTTGATGGCGTTCCTGTTAAGGAGTATGACGACTCTGGAGAAGCCAACGCCTCTCCTCTAATCCAATCAGATTGTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020980
ATGTCTTCATTTGCTCCACATCAGAATGGAGATTGTGTTGATGGCGTTCCTGTTAAGGAGTATGACGACTCTGGAGAAGCCAACGCCTCTCCTCTAATCCAATCAGATTGTTATGATGTGGGCGAGGAATTCGGGGAGCCTGATATTCTTCCCCGTATGGGAGATGAGTATCAGGTTGAGCTTCCTCCATTTACTAGAGAGCCCAATCACGTGTCCTACGCTGAAATTGGACACCATTCTCTCCAAGATTTCTTCGTTGG...
LOC131020980
ATGTCTTCATTTGCTCCACATCAGAATGGAGATTGTGTTGATGGCGTTCCTGTTAAGGAGTATGACGACTCTGGAGAAGCCAACGCCTCTCCTCTAATCCAATCAGATTGTTATGATGTGGGCGAGGAATTCGGGGAGCCTGATATTCTTCCCCGTATGGGAGATGAGTATCAGGTTGAGCTTCCTCCATTTACTAGAGAGCCCAATCACGTGTCCTACGCTGAAATTGGACACCATTCTCTCCAAGATTTCTTCGTTGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057806026.1
MSSFAPHQNGDCVDGVPVKEYDDSGEANASPLIQSDCYDVGEEFGEPDILPRMGDEYQVELPPFTREPNHVSYAEIGHHSLQDFFVGLPIPLIWIDCGRREGPRTVLGSRRPYCKNVIEMGILCNGDREPSHNSMKSEMKSLPAAEKTQMCIDEGHVLVPGLLSEKWNDAEKASFLLALYIFEKNFVEVRRFVGCKGMGAILSFYYGEFYGSDAYRRWSEGRKTRSKKCVYGQRIFSGLRQQEFLSRLLSRVPEECKSAL...
XP_057806027.1
MSSFAPHQNGDCVDGVPVKEYDDSGEANASPLIQSDCYDVGEEFGEPDILPRMGDEYQVELPPFTREPNHVSYAEIGHHSLQDFFVGLPIPLIWIDCGRREGPRTVLGSRRPYCKNVIEMGILCNGDREPSHNSMKSEMKSLPAAEKTQMCIDEGHVLVPGLLSEKWNDAEKASFLLALYIFEKNFVEVRRFVGCKGMGAILSFYYGEFYGSDAYRRWSEGRKTRSKKCVYGQRIFSGLRQQEFLSRLLSRVPEECKSAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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