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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004117

染色体: Chr04 坐标: 56060212-56064111 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004117
名称SmilChr04G004117
描述condensin-2 complex subunit H2
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56060212 - 56064111 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020989
GeneID131020989
locus_tag-
NCBI NameLOC131020989
原始查询SmilChr04G004117

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述condensin-2 complex subunit H2
产物condensin-2 complex subunit H2
ArabidopsisAT3G16730 (HEB2)
condensin-2 complex subunit H2-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820925]
identity=47.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0517300
-
identity=40.2; qcov=1.01; evalue=1.75e-136; confidence=medium
GOGO:0000796 (condensin complex); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0010032 (meiotic chromosome condensation); GO:0051306 (mitotic sister chromatid separation)
KEGG-
PfamPF06278 (CNDH2_N); PF16858 (CNDH2_C); PF16869 (CNDH2_M)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806042.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057806042.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057806042.1
4 Centromere 着丝粒 0.20000 XP_057806042.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806042.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56060812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B120,B27,B59,C28
Chr4:56060860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr4:56061066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:56061083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,D6
Chr4:56061206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr4:56061490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:56061637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:56061690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,A8,C63
Chr4:56061710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B33,B76
Chr4:56061760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,C62
Chr4:56061789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:56061794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806042.1
671 aa
N
1
336
671
CNDH2_N
CNDH2_M
CNDH2_C
C
PF06278 CNDH2_N 14-131 aa PF16869 CNDH2_M 153-305 aa PF16858 CNDH2_C 457-589 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806042.1 Pfam PF06278 CNDH2_N Family 14 131 8.6e-42 142.6 Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, N-terminal
XP_057806042.1 Pfam PF16869 CNDH2_M Family 153 305 3.2e-27 96.7 Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, mid domain
XP_057806042.1 Pfam PF16858 CNDH2_C Domain 457 589 4.3e-38 130.9 Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, C-terminal wHTH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950059.1
TACTGAGCTTAGAGCGGGAAAATATTTCGTATAAAAATTTCAAATCTCTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACATACTCATACACACAGAGAAGCATAATACTACATCCCGATAACTCGCTCGCCCATCAAAATCCCCAATTTTGATAGCCCTAGGTTTCTTTGCAATGGTGGCACCGTGCTGAATAGAACTAATGGAAGGATTAGAGATTATCTGCAGAAGATGAACGACGATTTGGACAGCTCCGAATCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020989
ATGAACGACGATTTGGACAGCTCCGAATCTTCCTCCGGGAGATTTCTGCAGACAGTACGGCCTCTCCGCGACCTCGAGTCGAATTGGACCGTCGATTTGGCGAAGAATTTGGAGGAATACTTGCTCAAGGTTTGCTCGGGACAAATCTCCGGCGAAGATGCCAAGTTATCTGTGAATTTCGCTGAAGCTGCTTTGCTGCTTCAGGGATCAGTGCAGGTGTACAGTAGGAAAGTAGAGTATTTGTATTCATTGGTTCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806042.1
MNDDLDSSESSSGRFLQTVRPLRDLESNWTVDLAKNLEEYLLKVCSGQISGEDAKLSVNFAEAALLLQGSVQVYSRKVEYLYSLVLHALDFISKKSEEDQEAGPSDRRNSTGAHSAKEEGDDPFWGLDDIPVDAKSLLDNATCRDVPPSHFVRPPANIVVLEGECLDAGGDAGGELESYLLATCDLYRDFILLDSCDAIAVDNFLDSKAGKGPSNVYGISSVTSKGRKSFQSPSRRSGGTAQKLSAKKKNDANPFQSPCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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