Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004121`

染色体: Chr04 坐标: 56075976-56078817 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004121`
名称	SmilChr04G004121
描述	pectinesterase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56075976 - 56078817 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020996`
GeneID	`131020996`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020996`
原始查询	`SmilChr04G004121`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pectinesterase-like
产物	pectinesterase-like
Arabidopsis	`AT5G27870` (AT5G27870) Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832850] identity=43.5; qcov=0.986; evalue=2.06e-170; confidence=medium
Rice	`Os03g0300500` (OsPME10) - identity=39.8; qcov=0.94; evalue=5.52e-137; confidence=medium
GO	GO:0030599 (pectinesterase activity); GO:0042545 (cell wall modification); GO:0046910 (pectinesterase inhibitor activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01095 (Pectinesterase); PF04043 (PMEI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020996

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.80000	`XP_057806049.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057806049.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806049.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806049.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806049.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56076167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B129,B38,B39
`Chr4:56076177`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr4:56076221`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B60,C5,C80
`Chr4:56076222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B23,B98,C62,D4
`Chr4:56076545`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr4:56076569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:56076602`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,C62
`Chr4:56077230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr4:56077265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,C40,C75,C79,D7
`Chr4:56077288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr4:56077349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr4:56077385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806049.1

562 aa

281

562

PMEI

Pectinesterase

PF04043 PMEI 54-200 aa PF01095 Pectinesterase 249-539 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806049.1`	Pfam	`PF04043`	PMEI	Domain	54	200	1.1e-30	107.6	Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor
`XP_057806049.1`	Pfam	`PF01095`	Pectinesterase	Repeat	249	539	6.6e-115	383.7	Pectinesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950066.1
GTTTAATCACCATCACAATTCAAAAGTGGCATCAAGAAGAGGGAGCAAGAGTTCCCCTATAATCATGAATTGATCACTGATTTTGTCTTTTTAATAAAATATACTATAAAATATCAAACAATAAAAAATAAAATCAGTGATCAAAATATATAATTAAATAGAATGGGGGAGCCGGCTGCAAAGAAGAAGGGCCTAATTGCAGCCGCGGCCTCTATTCTCTTAGTCGCGGCCGTCGTCGTCGCTGTCGTCACCACCAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020996
ATGGGGGAGCCGGCTGCAAAGAAGAAGGGCCTAATTGCAGCCGCGGCCTCTATTCTCTTAGTCGCGGCCGTCGTCGTCGCTGTCGTCACCACCAGCAGAGGCGGAAGCGGCGGCGGCGGCCGCGGCAGCGGCGCTACGGATGTAGAATCCACCACTAGGTCGATCGCAGCTATCTGCGCCCCGACGCAGTATCAAGAAACTTGCCACGCCAGCCTCGACGGGGCCAACACCACCGACCCCAAGAAGCTTATCGAGACGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806049.1
MGEPAAKKKGLIAAAASILLVAAVVVAVVTTSRGGSGGGGRGSGATDVESTTRSIAAICAPTQYQETCHASLDGANTTDPKKLIETAIDVAVDKVSSVLKQSKLLQEAAADPMTKQAFDVCREVLEKAVDDLKRTVEQIDAIDAAEVKEYVADLRTWLSAVVTNQETCLDAFENTTGDAGQKMRNLLRTARELSSNGLAMVTDISEFVGALQLEEVLGSGRKLAARARDEDFVERRLVQATALSLKPTIVVAKDGSGKFN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器