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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004132`

染色体: Chr04 坐标: 56135328-56140192 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004132`
名称	SmilChr04G004132
描述	pumilio homolog 24
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56135328 - 56140192 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021007`
GeneID	`131021007`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021007`
原始查询	`SmilChr04G004132`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pumilio homolog 24
产物	pumilio homolog 24
Arabidopsis	`AT3G16810` (PUM24) pumilio 24 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820934] identity=56.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0831100` (OSJNBb0027B08.11) - identity=50.3; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0006417 (regulation of translation)
KEGG	-
Pfam	PF00806 (PUF); PF08144 (CPL); PF22493 (PUF_NOP9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021007

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806060.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057806060.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806060.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806060.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806060.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56135824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr4:56135828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B41,B9,C11,C69
`Chr4:56135833`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,C12,C56,D10
`Chr4:56136157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B29,B36,B49,C36
`Chr4:56136176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B41,B9,C11,C69
`Chr4:56136178`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr4:56136312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr4:56136322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B127,B44
`Chr4:56136370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,C39
`Chr4:56136373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A14,B119,B134,B20,B42,B43,B46,C38,C39,C43,C60,C74,D11
`Chr4:56136406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,B95,C47
`Chr4:56136412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806060.1

640 aa

320

640

PUF_NOP9

PUF

CPL

PF22493 PUF_NOP9 134-404 aa PF00806 PUF 147-172 aa PF00806 PUF 211-244 aa PF08144 CPL 470-569 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806060.1`	Pfam	`PF22493`	PUF_NOP9	Repeat	134	404	1e-10	41.9	NOP9-like PUF repeat domain
`XP_057806060.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	147	172	1.9e-09	37.8	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057806060.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	211	244	1.9e-09	37.8	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057806060.1`	Pfam	`PF08144`	CPL	Repeat	470	569	1.8e-09	38.8	CPL (NUC119) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950077.1
TTTGCTGTTCGAATTCGCAGACAGCAGACGTTGAGCTCAAACAGTATCAATGGCGGCGAAGCCACAACAGAAGAAGAGCAGCGGCTCGATGAAGAGGAAGACTAACCCTAACCAAAAATCGGAGGGACCGGTTTCAAATTTCAAGAAACCTAAATTATCTTCGAATCCGAAAAAGTCCAAGTTTAACCCGACCAACGCTCAAAATAAAGTCGGGAAGCAGCCATCAAATTTGCCGAAAAAGGAATACCAGAAACCTAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021007
ATGGCGGCGAAGCCACAACAGAAGAAGAGCAGCGGCTCGATGAAGAGGAAGACTAACCCTAACCAAAAATCGGAGGGACCGGTTTCAAATTTCAAGAAACCTAAATTATCTTCGAATCCGAAAAAGTCCAAGTTTAACCCGACCAACGCTCAAAATAAAGTCGGGAAGCAGCCATCAAATTTGCCGAAAAAGGAATACCAGAAACCTAATGGTGAGAAAGGTGAAGTGGAGGACTCCAAGAAACTAGCTCGTTTGCGTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806060.1
MAAKPQQKKSSGSMKRKTNPNQKSEGPVSNFKKPKLSSNPKKSKFNPTNAQNKVGKQPSNLPKKEYQKPNGEKGEVEDSKKLARLRSKELAQARKKIRKKHYTLEQELALLWEKMRRRNISKEDRSRLVSEAVKKMQGKISEIARSHIASRVLQTCVKHCTQDERNAVFTELRPHFISLASNTYAVRLVTKLLDLASKEQLAEFISSLHGHVASLLRQMVGSLVIEHAYCLGNASQKQTLLMELYSPELQLFKDLVTMKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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