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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004133

染色体: Chr04 坐标: 56148237-56152298 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004133
名称SmilChr04G004133
描述two-component response regulator ARR2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56148237 - 56152298 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021009
GeneID131021009
locus_tag-
NCBI NameLOC131021009
原始查询SmilChr04G004133

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述two-component response regulator ARR2-like
产物two-component response regulator ARR2-like
ArabidopsisAT3G16857 (RR1)
response regulator 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820940]
identity=51.6; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0224200 (ORR1)
-
identity=64; qcov=0.46; evalue=2.79e-126; confidence=medium
GOGO:0000160 (phosphorelay signal transduction system); GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00072 (Response_reg); PF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021009

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806063.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806063.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806063.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806063.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057806063.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56149691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr4:56150597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:56150657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr4:56150786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:56150906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr4:56150921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr4:56151275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr4:56151296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:56151369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr4:56151506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B21,B71,C25,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806063.1
710 aa
N
1
355
710
Response_reg
Myb_DNA-binding
C
PF00072 Response_reg 33-141 aa PF00249 Myb_DNA-binding 216-266 aa
XP_057806064.1
677 aa
N
1
338
677
Response_reg
Myb_DNA-binding
C
PF00072 Response_reg 33-141 aa PF00249 Myb_DNA-binding 216-266 aa
XP_057806065.1
676 aa
N
1
338
676
Response_reg
Myb_DNA-binding
C
PF00072 Response_reg 33-141 aa PF00249 Myb_DNA-binding 216-266 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806063.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 33 141 1.1e-24 87.4 Response regulator receiver domain
XP_057806063.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 216 266 7.5e-09 36.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057806064.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 33 141 1e-24 87.6 Response regulator receiver domain
XP_057806064.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 216 266 8.2e-09 36.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057806065.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 33 141 1e-24 87.6 Response regulator receiver domain
XP_057806065.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 216 266 8.1e-09 36.2 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100822.1
AAATTCCCAAAATCAAGAAGGAAAAAAAAGAGGAACTTCAATTCCTCAATCTCACAACACACAAACACATATAAAAGCAGCAAATTTCCTTAAGCTCGTCCTCTTCTCTCACTACTTCCCTTTATAAATAAACAAAATCCAATCTTGAAGAGACCCCTTTTATTTCCTCTTTATTCTATTATATGGGTGCTTTGAATTTTCAGTGACTGCATATGAATTATGTTAAAATAGCTCGAAACATGTGATTTTCAGCATATATC...
XR_009100823.1
GGAAAAAAAAGAGGAACTTCAATTCCTCAATCTCACAACACACAAACACATATAAAAGCAGCAAATTTCCTTAAGCTCGTCCTCTTCTCTCACTACTTCCCTTTATAAATAAACAAAATCCAATCTTGAAGAGACCCCTTTTATTTCCTCTTTATTCTATTATATGGGTGCTTTGAATTTTCAGTGACTGCATATGAATTATGTTAAAATAGCTCGAAACATGTGATTTTCAGCATATATCTTATGCGGGTTGTGTGAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131021009
ATGAATCTTGGAGTCAATTCCATGTCTTTAACTACTTCAAGTGCTTCTTGGAAGTCCGGCGACGCAGTTTCCGACCAATTTCCGGCGGGGTTGAGAGTTCTCGTCGTCGACGATGACCCCACTTGTCTTAGGATCTTGGAAAAGATGCTGAGGAATTGCCGCTATGAAGTTACCAAATGCAGTCGAGCTGAGGTCGCGTTGAAGTTACTTAGGGATAACAAGGATGGATTCGACGTTGTTATTAGCGATGTCCACATGCC...
LOC131021009
ATGAATCTTGGAGTCAATTCCATGTCTTTAACTACTTCAAGTGCTTCTTGGAAGTCCGGCGACGCAGTTTCCGACCAATTTCCGGCGGGGTTGAGAGTTCTCGTCGTCGACGATGACCCCACTTGTCTTAGGATCTTGGAAAAGATGCTGAGGAATTGCCGCTATGAAGTTACCAAATGCAGTCGAGCTGAGGTCGCGTTGAAGTTACTTAGGGATAACAAGGATGGATTCGACGTTGTTATTAGCGATGTCCACATGCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057806063.1
MNLGVNSMSLTTSSASWKSGDAVSDQFPAGLRVLVVDDDPTCLRILEKMLRNCRYEVTKCSRAEVALKLLRDNKDGFDVVISDVHMPDMDGFKLLEHIGLEMDLPVIMMSADDSKSVVMKGVTHGACDYLIKPVRMEALKNIWQHVVRKKKYEWKEKDMEQSGSVEDGGERQQKPSDDADYSSSANEGNWRSSRKRKEEEDDGDDKDDSSTLKKPRVVWSVELHQQFVTAVNQLGIDKAVPKKILELMNVPGLTRENVAS...
XP_057806064.1
MNLGVNSMSLTTSSASWKSGDAVSDQFPAGLRVLVVDDDPTCLRILEKMLRNCRYEVTKCSRAEVALKLLRDNKDGFDVVISDVHMPDMDGFKLLEHIGLEMDLPVIMMSADDSKSVVMKGVTHGACDYLIKPVRMEALKNIWQHVVRKKKYEWKEKDMEQSGSVEDGGERQQKPSDDADYSSSANEGNWRSSRKRKEEEDDGDDKDDSSTLKKPRVVWSVELHQQFVTAVNQLGIDKAVPKKILELMNVPGLTRENVAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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