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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004135

染色体: Chr04 坐标: 56157095-56162754 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004135
名称SmilChr04G004135
描述uncharacterized SmilChr04G004135
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56157095 - 56162754 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021012
GeneID131021012
locus_tag-
NCBI NameLOC131021012
原始查询SmilChr04G004135

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SSD1; symbol=SSD1; hit=Os03g0302900; species=rice; confidence=medium
产物SSD1; symbol=SSD1; hit=Os03g0302900; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G26910 (TRM8)
GPI-anchored adhesin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832749]
identity=31.1; qcov=1.04; evalue=3.74e-91; confidence=low
RiceOs03g0302900 (SSD1)
-
identity=36.6; qcov=1.08; evalue=2.73e-121; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF14309 (DUF4378); PF14383 (VARLMGL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057806067.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057806067.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057806067.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806067.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806067.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56158779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B119,B126,B16,C39
Chr4:56158929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B63
Chr4:56159109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:56159203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:56159219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70
Chr4:56159386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr4:56159426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr4:56159593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr4:56159739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr4:56159806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:56160237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:56160970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B119,B126,B16,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806067.1
886 aa
N
1
443
886
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 85-114 aa PF14309 DUF4378 732-878 aa
XP_057806068.1
886 aa
N
1
443
886
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 85-114 aa PF14309 DUF4378 732-878 aa
XP_057806069.1
882 aa
N
1
441
882
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 81-110 aa PF14309 DUF4378 728-874 aa
XP_057806070.1
882 aa
N
1
441
882
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 81-110 aa PF14309 DUF4378 728-874 aa
XP_057806071.1
882 aa
N
1
441
882
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 81-110 aa PF14309 DUF4378 728-874 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806067.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 85 114 3.4e-14 52.8 DUF761-associated sequence motif
XP_057806067.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 732 878 2.6e-31 109.9 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057806068.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 85 114 3.4e-14 52.8 DUF761-associated sequence motif
XP_057806068.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 732 878 2.6e-31 109.9 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057806069.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 81 110 3.3e-14 52.8 DUF761-associated sequence motif
XP_057806069.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 728 874 2.6e-31 110.0 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057806070.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 81 110 3.3e-14 52.8 DUF761-associated sequence motif
XP_057806070.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 728 874 2.6e-31 110.0 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057806071.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 81 110 3.3e-14 52.8 DUF761-associated sequence motif
XP_057806071.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 728 874 2.6e-31 110.0 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100826.1
TCTAAATTCCACTGTCTCCTCATTAATTGCTCAAACCATTCCACCACTCAACACTCTCCAAAGACAGCTCTAACTCATTCCTCTCTCACTGACCAAGAACATCCGTTTTCTCTCTCTAAAAGCTCTCAACTTCAGTCTCTATCTGAAGCTCTGCACACGCATTTGATGCTTACGCTGTTATGCATTAAGGGGGAGCTCAAAAAGTCCTGATTTTTCGAAGTGGGCTGTGTGAGTTTACTTGATTTCACATTGCTTTTTCT...
XR_009100825.1
TCTAAATTCCACTGTCTCCTCATTAATTGCTCAAACCATTCCACCACTCAACACTCTCCAAAGACAGCTCTAACTCATTCCTCTCTCACTGACCAAGAACATCCGTTTTCTCTCTCTAAAAGCTCTCAACTTCAGTCTCTATCTGAAGCTCTGCACACGCATTTGATGCTTACGCTGTTATGCATTAAGGGGGAGCTCAAAAAGTCCTGATTTTTCGAAGTGGGCTGTGTGAGTTTACTTGATTTCACATTGCTTTTTCT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131021012
ATGCTGAAAAGTATGGGGATTGAGAAACAAGGCTCCAAAGGTGGGAATTATGTTGGTGGTTTCCTGCAGATGTTTGATTGGAATGCTAAATCTCGAAAGAAGTTGTTTCCGAGCAAGTCAGAAGTACCTGAGGAATCCAAACAGAAGAAAACATGTGATGGAAATTTACCAACGACCCGTCTTGCCATGCTGGACTTGGACGAAGGCGCTGCTGGATCAAGTGTACGAGGAAGCAATGATCACAGCTGTGCTTCGTCAGT...
LOC131021012
ATGCTGAAAAGTATGGGGATTGAGAAACAAGGCTCCAAAGGTGGGAATTATGTTGGTGGTTTCCTGCAGATGTTTGATTGGAATGCTAAATCTCGAAAGAAGTTGTTTCCGAGCAAGTCAGAAGTACCTGAGGAATCCAAACAGAAGAAAACATGTGATGGAAATTTACCAACGACCCGTCTTGCCATGCTGGACTTGGACGAAGGCGCTGCTGGATCAAGTGTACGAGGAAGCAATGATCACAGCTGTGCTTCGTCAGT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057806067.1
MLKSMGIEKQGSKGGNYVGGFLQMFDWNAKSRKKLFPSKSEVPEESKQKKTCDGNLPTTRLAMLDLDEGAAGSSVRGSNDHSCASSVVDEDFCGTKAPGVVARLMGLDSLPKSSMTEPYSTPLFSSCSLRDAYYQTQNHEYRQDQVMHSSSLQGLYSRSETELNYPRVIHKPIEKFQTEILPPKSAKSIPITHHKLLSPIKSAHSIPPRDAAHIMEAAARIIESGPSQVSTKTKLPPVGSSSVPLRVRDLKEKAESAQKP...
XP_057806068.1
MLKSMGIEKQGSKGGNYVGGFLQMFDWNAKSRKKLFPSKSEVPEESKQKKTCDGNLPTTRLAMLDLDEGAAGSSVRGSNDHSCASSVVDEDFCGTKAPGVVARLMGLDSLPKSSMTEPYSTPLFSSCSLRDAYYQTQNHEYRQDQVMHSSSLQGLYSRSETELNYPRVIHKPIEKFQTEILPPKSAKSIPITHHKLLSPIKSAHSIPPRDAAHIMEAAARIIESGPSQVSTKTKLPPVGSSSVPLRVRDLKEKAESAQKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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