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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004141

染色体: Chr04 坐标: 56182012-56184519 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004141
名称SmilChr04G004141
描述outer envelope pore protein 16-2, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56182012 - 56184519 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021019
GeneID131021019
locus_tag-
NCBI NameLOC131021019
原始查询SmilChr04G004141

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述outer envelope pore protein 16-2, chloroplastic-like
产物outer envelope pore protein 16-2%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT4G16160 (ATOEP16-2)
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17/Tim22/Tim23 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827308]
identity=57.1; qcov=0.91; evalue=3.03e-30; confidence=medium
RiceOs03g0305600
-
identity=54.1; qcov=0.98; evalue=1.57e-28; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021019

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057806078.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057806078.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057806078.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806078.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806078.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56183455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C42
Chr4:56183687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C56
Chr4:56183843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C56
Chr4:56183850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr4:56184010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950095.1
TTTGAGGGTACGAAAATTTTGAGAAAGATCTCCTCACCTCATCTTCTTCTTCTCGTTCATTTTTGCTCTTGAGCTTTTGTTCCATTTGATTCCGAATCATTCAAAGTTTAAGTGCGAACTTGAGGTGGTAGCTGTGTGGGAGAGAATCGGCGTATAGGACTTGCAGAAAGAAGAGTATTGTCTCAGAGGCCAGCTTTTTGGGAAGCCCGTTCCCACCGCGCTCACGGCCCGGCTGGCCTGCCAGCGGTAGTGGGAATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021019
ATGTCGGGAAGCAATTTGGAGACTAGATCATTGATCGATGAGCTGCGAAGCTTCGACAGCGGCGGTTTCTTCGATCTCGGCCACCCTCTGCTTAACCGCATGGCTGAAAGCTTCGTAAGAGCTGCTGGGATCGGAGCGATTCAAGCAGTAGCGCGGGAAGCTTATTTTACAGCAGTGGAAAGTGCCGGTGGAGACGTTAGGGGGAGCATCCCTCCGGCCGAGACCGGTGCCTCGAAGAAGCATCATCGGTTCCCGGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806078.1
MSGSNLETRSLIDELRSFDSGGFFDLGHPLLNRMAESFVRAAGIGAIQAVAREAYFTAVESAGGDVRGSIPPAETGASKKHHRFPDFRAENNHNSVEALA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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