当前解析结果
SmilChr04G004145| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004145 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004145 |
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 50 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 56200519 - 56201929 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021024 |
|---|---|
| GeneID | 131021024 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021024 |
| 原始查询 | SmilChr04G004145 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 50 |
| 产物 | serine carboxypeptidase-like 50 |
| Arabidopsis | AT1G15000 (scpl50)serine carboxypeptidase-like 50 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838065] identity=59; qcov=0.928; evalue=3.86e-174; confidence=high |
| Rice | Os05g0582800 (OsSCP31)- identity=55.3; qcov=0.952; evalue=8.48e-161; confidence=high |
| GO | GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00450 (Peptidase_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021024 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057806085.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057806085.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806085.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806085.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806085.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:56200524 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B42,B43 |
Chr4:56200536 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr4:56200626 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B47,B55,D11 |
Chr4:56200837 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:56200838 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:56200866 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:56201451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B41 |
Chr4:56201470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C41,C85 |
Chr4:56201600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B136,B41,B59 |
Chr4:56201621 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 32 | A1,A22,A25,A9,B107,B109,B118,B119,B120,B129,B132,B19,B21,B27,B32,B41,B47,B59,B63,B69,B7,B71,B99,C19,C22,C31,C39,C52,C59,C6,C79,D7 |
Chr4:56201644 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 20 | A22,A25,B107,B118,B119,B120,B19,B21,B27,B41,B47,B59,B71,B99,C19,C22,C39,C59,C6,C79 |
Chr4:56201789 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B71,C45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806085.1PF00450
Peptidase_S10 35-426 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806085.1 |
Pfam | PF00450 |
Peptidase_S10 | Domain | 35 | 426 | 5.2e-98 | 329.9 | Serine carboxypeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。