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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004151

染色体: Chr04 坐标: 56220164-56224954 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004151
名称SmilChr04G004151
描述phytochrome B
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56220164 - 56224954 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021032
GeneID131021032
locus_tag-
NCBI NameLOC131021032
原始查询SmilChr04G004151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phytochrome B
产物phytochrome B
ArabidopsisAT2G18790 (PHYB)
phytochrome B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816394]
identity=76.1; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0309200
-
identity=73.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000155 (phosphorelay sensor kinase activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009584 (detection of visible light); GO:0009585 (red, far-red light phototransduction); GO:0009881 (photoreceptor activity); GO:0017006 (protein-tetrapyrrole linkage); GO:0042803 (protein homodimerization activity)
KEGGsmil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00360 (PHY); PF00512 (HisKA); PF00989 (PAS); PF01590 (GAF); PF02518 (HATPase_c); PF08446 (PAS_2); PF13188 (PAS_8); PF13426 (PAS_9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806092.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057806092.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057806092.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057806092.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806092.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56220938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,B80
Chr4:56220949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr4:56220967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B80,C24
Chr4:56220977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B80,C24
Chr4:56220988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr4:56220995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C24
Chr4:56220999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C24
Chr4:56221013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr4:56221014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C24
Chr4:56221180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C40
Chr4:56221196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr4:56221200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806092.1
1140 aa
N
1
570
1140
PAS_2
GAF
PHY
PAS
PAS_8
PAS_9
PAS
PAS_9
HisKA
HATPase_c
C
PF08446 PAS_2 91-207 aa PF01590 GAF 243-418 aa PF00360 PHY 431-604 aa PF00989 PAS 634-749 aa PF13188 PAS_8 637-682 aa PF13426 PAS_9 646-750 aa PF00989 PAS 765-884 aa PF13426 PAS_9 783-882 aa PF00512 HisKA 908-970 aa PF02518 HATPase_c 1018-1124 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806092.1 Pfam PF08446 PAS_2 Domain 91 207 1.7e-38 132.4 PAS fold
XP_057806092.1 Pfam PF01590 GAF Domain 243 418 9.7e-15 56.0 GAF domain
XP_057806092.1 Pfam PF00360 PHY Domain 431 604 2.7e-56 190.5 Phytochrome region
XP_057806092.1 Pfam PF00989 PAS Domain 634 749 3.3e-46 156.6 PAS fold
XP_057806092.1 Pfam PF13188 PAS_8 Domain 637 682 9.4e-06 26.1 PAS domain
XP_057806092.1 Pfam PF13426 PAS_9 Domain 646 750 4.2e-11 43.8 PAS domain
XP_057806092.1 Pfam PF00989 PAS Domain 765 884 3.3e-46 156.6 PAS fold
XP_057806092.1 Pfam PF13426 PAS_9 Domain 783 882 4.2e-11 43.8 PAS domain
XP_057806092.1 Pfam PF00512 HisKA Domain 908 970 1.8e-13 51.0 His Kinase A (phospho-acceptor) domain
XP_057806092.1 Pfam PF02518 HATPase_c Domain 1018 1124 9e-11 42.9 Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950109.1
TGAAAATTGAAAGCACGTGATGTGAAGAGCAAGGTTTAATGAAAGTTGAGTGAGGTCCCAGTTCCCAAATTGAATGAAAACAACCCCACAATTTAGTATCACTTCCGTTTGTTGCTTTCATTTATACGTGAAAGGCGCCTACTTTATGATAAGGTTTAAGCTCCGATTAACCAACTAGACGATCCAGATTAGATTACCGGCAAAATTCCCTTTACCAGTTTTGTTGAGGACTGGATTTTCTTGAAATCCGCCGAGAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021032
ATGGCTGCTTCTGGAGGAAGAGAAACACAGGGGAATAACTACAATACTTCACAAGCTCAGTCTTCAGGTACGCCCCATCATCAAAGTCGCAATTTTAACCAGAATTCGAGTTTAAACAGGGGGGAATCTATGAGTAAGGCTGTAGCTCAATTCACTGCGGATGCTAGGCTTCATGCGGTTTTCGAGCAATCAGGTGAGTCCGGGAGATCCTTTGATTACTCACAGAGTGTGAGGACTACTAATCAATCTATTCCTGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806092.1
MAASGGRETQGNNYNTSQAQSSGTPHHQSRNFNQNSSLNRGESMSKAVAQFTADARLHAVFEQSGESGRSFDYSQSVRTTNQSIPEQQITAYLSKMQRGGHIQPFGCMIAVDESDFRVIAYSENAREMLALTPQSVPILEKPEFLTIGTDVRSLFTPSSAVLLERAFGAREITLLNPVWIHSKSSGKPFYAILHRIDVGIVIDLEPARTEDPALSIAGAVQSQKLAVRAISHLQSLPGGDIKILCDTVVESVRELTGYDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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