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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004154

染色体: Chr04 坐标: 56237786-56244020 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004154
名称SmilChr04G004154
描述CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56237786 - 56244020 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021035
GeneID131021035
locus_tag-
NCBI NameLOC131021035
原始查询SmilChr04G004154

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
产物CBS domain-containing protein CBSCBSPB3-like
ArabidopsisAT3G52950 (AT3G52950)
CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824461]
identity=54.9; qcov=0.888; evalue=1.76e-166; confidence=high
RiceOs12g0169400 (OsCBSCBSPB4)
-
identity=50.8; qcov=0.89; evalue=3.55e-153; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00564 (PB1); PF00571 (CBS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806096.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057806096.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057806098.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806096.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806096.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56238153 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 81 A10,A11,A18,A19,A3,A4,A5,A7,A8,B1,B101,B102,B106,B110,B112,B114,B120,B121,B122,B124,B134,B137,B14,B16,B19,B28,B36,B41,B46,B49,B5,B55,B60,B68,B69,B70,B79,B8,B80,B82,B83,B86,B89,B90,B91,B92,C12,C14,C15,C19,C20,C22,C24,C3,C30,C33,C34,C37,C38,C40,C41,C42,C44,C5,C50,C54,C56,C59,C6,C61,C64,C65,C66,C67,C71,C72,C78,C9,D1,D11,D4
Chr4:56238159 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 81 A10,A11,A18,A19,A3,A4,A5,A7,A8,B1,B101,B102,B106,B110,B112,B114,B120,B121,B122,B124,B134,B137,B14,B16,B19,B28,B36,B41,B46,B49,B5,B55,B60,B68,B69,B70,B79,B8,B80,B82,B83,B86,B89,B90,B91,B92,C12,C14,C15,C19,C20,C22,C24,C3,C30,C33,C34,C37,C38,C40,C41,C42,C44,C5,C50,C54,C56,C59,C6,C61,C64,C65,C66,C67,C71,C72,C78,C9,D1,D11,D4
Chr4:56238714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr4:56238883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:56238914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B29,B54,D11
Chr4:56238929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B29,B54,D11
Chr4:56238939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B29,B54,D11
Chr4:56238952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D11
Chr4:56238967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D11
Chr4:56238974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D11
Chr4:56241176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C38
Chr4:56242681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806096.1
513 aa
N
1
256
513
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 43-89 aa PF00571 CBS 102-151 aa PF00571 CBS 212-257 aa PF00571 CBS 272-311 aa PF00564 PB1 389-468 aa
XP_057806097.1
513 aa
N
1
256
513
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 43-89 aa PF00571 CBS 102-151 aa PF00571 CBS 212-257 aa PF00571 CBS 272-311 aa PF00564 PB1 389-468 aa
XP_057806098.1
511 aa
N
1
256
511
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 41-87 aa PF00571 CBS 100-149 aa PF00571 CBS 210-255 aa PF00571 CBS 270-309 aa PF00564 PB1 387-466 aa
XP_057806099.1
511 aa
N
1
256
511
CBS
CBS
CBS
CBS
PB1
C
PF00571 CBS 41-87 aa PF00571 CBS 100-149 aa PF00571 CBS 210-255 aa PF00571 CBS 270-309 aa PF00564 PB1 387-466 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806096.1 Pfam PF00571 CBS Domain 43 89 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806096.1 Pfam PF00571 CBS Domain 102 151 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806096.1 Pfam PF00571 CBS Domain 212 257 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806096.1 Pfam PF00571 CBS Domain 272 311 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806096.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 389 468 3.5e-12 46.8 PB1 domain
XP_057806097.1 Pfam PF00571 CBS Domain 43 89 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806097.1 Pfam PF00571 CBS Domain 102 151 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806097.1 Pfam PF00571 CBS Domain 212 257 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806097.1 Pfam PF00571 CBS Domain 272 311 1.4e-32 112.4 CBS domain
XP_057806097.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 389 468 3.5e-12 46.8 PB1 domain
XP_057806098.1 Pfam PF00571 CBS Domain 41 87 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806098.1 Pfam PF00571 CBS Domain 100 149 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806098.1 Pfam PF00571 CBS Domain 210 255 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806098.1 Pfam PF00571 CBS Domain 270 309 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806098.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 387 466 3.5e-12 46.8 PB1 domain
XP_057806099.1 Pfam PF00571 CBS Domain 41 87 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806099.1 Pfam PF00571 CBS Domain 100 149 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806099.1 Pfam PF00571 CBS Domain 210 255 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806099.1 Pfam PF00571 CBS Domain 270 309 1.4e-32 112.5 CBS domain
XP_057806099.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 387 466 3.5e-12 46.8 PB1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950113.1
ACTCCCTCCGCCGCCCTTCCCGCCGCACAGCAGCCTGTTGCTGTTGCGACTCTCTGCCCTGCCGAGCGTCGCTGCCTCCTCCAGCCACCCAAAGCAGTCGCCAATCAGCAATGAGACGCTACCGTATGGCCGAGAGCTTCACGGCGAAGATGTCTTCATCCGCAGCTAATGGAACCAACACCCCACCTCAATTATGCAGTGAGAGTGAGAGAATATTGAAGAATCTTCCGTTAGTCAAGCCATTCAAAGTTTCTGAGGAG...
XM_057950115.1
ACTCCCTCCGCCGCCCTTCCCGCCGCACAGCAGCCTGTTGCTGTTGCGACTCTCTGCCCTGCCGAGCGTCGCTGCCTCCTCCAGCCACCCAAAGCAGTCGCCAATCAGCAATGAGACGCTACCGTATGGCCGAGAGCTTCACGGCGAAGATGTCTTCATCCGCAGCTAATGGAACCAACACCCCACCTCAATTTGAGAGTGAGAGAATATTGAAGAATCTTCCGTTAGTCAAGCCATTCAAAGTTTCTGAGGAGACCACT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021035
ATGAGACGCTACCGTATGGCCGAGAGCTTCACGGCGAAGATGTCTTCATCCGCAGCTAATGGAACCAACACCCCACCTCAATTATGCAGTGAGAGTGAGAGAATATTGAAGAATCTTCCGTTAGTCAAGCCATTCAAAGTTTCTGAGGAGACCACTGTATTGGATGTCTGTAAAATGATGGCAGCCATATGTGTAGATGTTGTTCTTGTGGCTAATACTGATGATTGGATTTCAGGAATTGTTACTGAGAAGGACATAGC...
LOC131021035
ATGAGACGCTACCGTATGGCCGAGAGCTTCACGGCGAAGATGTCTTCATCCGCAGCTAATGGAACCAACACCCCACCTCAATTATGCAGTGAGAGTGAGAGAATATTGAAGAATCTTCCGTTAGTCAAGCCATTCAAAGTTTCTGAGGAGACCACTGTATTGGATGTCTGTAAAATGATGGCAGCCATATGTGTAGATGTTGTTCTTGTGGCTAATACTGATGATTGGATTTCAGGAATTGTTACTGAGAAGGACATAGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806096.1
MRRYRMAESFTAKMSSSAANGTNTPPQLCSESERILKNLPLVKPFKVSEETTVLDVCKMMAAICVDVVLVANTDDWISGIVTEKDIATKVIAEGLRPDQTLISKVMTRNLIYAGSDASAMEALQLMAIGNFRHLPVVENNAIIGLLDITNCLYDAISIMGKVAKQGSVIVASVEGVEYRYGSNLLELSNFMGMFRENMFKSSLSTIILEGSRVAIVSPSDTVYVAAKIMRDSCVSYVLIMTGNNIHGILTSKDILIRVVA...
XP_057806097.1
MRRYRMAESFTAKMSSSAANGTNTPPQLCSESERILKNLPLVKPFKVSEETTVLDVCKMMAAICVDVVLVANTDDWISGIVTEKDIATKVIAEGLRPDQTLISKVMTRNLIYAGSDASAMEALQLMAIGNFRHLPVVENNAIIGLLDITNCLYDAISIMGKVAKQGSVIVASVEGVEYRYGSNLLELSNFMGMFRENMFKSSLSTIILEGSRVAIVSPSDTVYVAAKIMRDSCVSYVLIMTGNNIHGILTSKDILIRVVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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