当前解析结果
SmilChr04G004164| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004164 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004164 |
| 描述 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 56304289 - 56305147 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021046 |
|---|---|
| GeneID | 131021046 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021046 |
| 原始查询 | SmilChr04G004164 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like |
| 产物 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like |
| Arabidopsis | AT1G47960 (C/VIF1)cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841214] identity=36.2; qcov=0.842; evalue=4.94e-27; confidence=medium |
| Rice | Os01g0311700- identity=26.7; qcov=0.847; evalue=4.53e-06; confidence=low |
| GO | GO:0004857 (enzyme inhibitor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021046 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057806109.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057806109.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057806109.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806109.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806109.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:56304557 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:56304572 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B120,B15,C32,C68,C82 |
Chr4:56304673 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C57,C85 |
Chr4:56304683 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B93 |
Chr4:56304719 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr4:56304793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B51,B86 |
Chr4:56304839 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B16,B69 |
Chr4:56304910 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B36,B90,B92,C39,D2 |
Chr4:56304912 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,C12,C49 |
Chr4:56304951 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 133 | A1,A11,A13,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B107,B109,B113,B114,B115,B12,B120,B122,B124,B128,B13,B130,B134,B135,B140,B16,B17,B2,B21,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B49,B5,B51,B52,B56,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B68,B69,B70,B71,B73,B74,B78,B81,B85,B86,B88,B89,B9,B91,B94,B95,B96,B98,C1,C11,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C29,C34,C35,C36,C38,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C53,C55,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C67,C69,C71,C72,C73,C74,C78,C8,C80,C81,C84,C85,D10,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806109.1PF04043
PMEI 33-163 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806109.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 33 | 163 | 2e-14 | 54.7 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。