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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004164

染色体: Chr04 坐标: 56304289-56305147 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004164
名称SmilChr04G004164
描述cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56304289 - 56305147 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021046
GeneID131021046
locus_tag-
NCBI NameLOC131021046
原始查询SmilChr04G004164

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like
产物cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like
ArabidopsisAT1G47960 (C/VIF1)
cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841214]
identity=36.2; qcov=0.842; evalue=4.94e-27; confidence=medium
RiceOs01g0311700
-
identity=26.7; qcov=0.847; evalue=4.53e-06; confidence=low
GOGO:0004857 (enzyme inhibitor activity)
KEGG-
PfamPF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021046

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057806109.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057806109.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057806109.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806109.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806109.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56304557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:56304572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B15,C32,C68,C82
Chr4:56304673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C57,C85
Chr4:56304683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B93
Chr4:56304719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr4:56304793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B86
Chr4:56304839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B16,B69
Chr4:56304910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,B90,B92,C39,D2
Chr4:56304912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,C12,C49
Chr4:56304951 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 133 A1,A11,A13,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B107,B109,B113,B114,B115,B12,B120,B122,B124,B128,B13,B130,B134,B135,B140,B16,B17,B2,B21,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B49,B5,B51,B52,B56,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B68,B69,B70,B71,B73,B74,B78,B81,B85,B86,B88,B89,B9,B91,B94,B95,B96,B98,C1,C11,C13,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C29,C34,C35,C36,C38,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C53,C55,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C67,C69,C71,C72,C73,C74,C78,C8,C80,C81,C84,C85,D10,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806109.1
177 aa
N
1
88
177
PMEI
C
PF04043 PMEI 33-163 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806109.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 33 163 2e-14 54.7 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950126.1
GATATAATCATATGAAATTAATTAGCTACCAATCAAAATAAATGTAGTGACGACGGCGGCCCAAAAGAAAAGAGAGAGAAAATAAAGCTTCATTTATCTCGAAATTCTATCTATATAAGACGCCGCACCGCATCACCTTTTCTTCGCAAAACCCAAAAAACATAAGAGAAATATATTATACTACCAAAAAAAAAAATGAAAATGGGATCAATATCATTGGTGGTGGCCGTCGCGACGGTGACGATGCTGCTCCAAAACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021046
ATGAAAATGGGATCAATATCATTGGTGGTGGCCGTCGCGACGGTGACGATGCTGCTCCAAAACGAGGTCGTTTCGGCGGCGCGGAAGGACCAGCAGCTGATCGAAACGACATGCAAGAACACACCAGACTACCACCTCTGCATCGCGGTGATCACCGCCGACCCGAGCTGCAGGGCGGCGCCGCTGCAGGACCTGGCCCTGATCGTGGTGGCGGAGATCAAGAAGAAGACGGTGGAGATCATAAAAGAGATCGAGCACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806109.1
MKMGSISLVVAVATVTMLLQNEVVSAARKDQQLIETTCKNTPDYHLCIAVITADPSCRAAPLQDLALIVVAEIKKKTVEIIKEIEHLKKSGPKEMQPALKKCRSYYNAVQVGDIPVAEQATWGNPKFAETAMADAKIEAEMCEDAFLKVPNPSPFTKQNKYIADVAAVARGIIRNLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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