Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004171`

染色体: Chr04 坐标: 56350267-56352957 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004171`
名称	SmilChr04G004171
描述	stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56350267 - 56352957 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021056`
GeneID	`131021056`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021056`
原始查询	`SmilChr04G004171`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like
产物	stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like
Arabidopsis	`AT3G17210` (HS1) heat stable protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820980] identity=57.1; qcov=0.559; evalue=6.75e-41; confidence=medium
Rice	`Os01g0516600` (B1108H10.11-1) - identity=59.2; qcov=0.521; evalue=2.19e-40; confidence=medium
GO	GO:0009865 (pollen tube adhesion)
KEGG	-
Pfam	PF07876 (Dabb)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021056

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057806118.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057806118.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806118.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806118.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806118.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56350631`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	24	A13,A4,B11,B111,B131,B18,B19,B27,B34,B41,B45,B55,B57,B59,B84,C11,C18,C23,C46,C49,C51,C69,C75,D9
`Chr4:56350652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr4:56350837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr4:56352117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806118.1

188 aa

188

Dabb

PF07876 Dabb 91-186 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806118.1`	Pfam	`PF07876`	Dabb	Domain	91	186	2.2e-24	86.6	Stress responsive A/B Barrel Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950135.1
AGATGGAAATATAACATGTGCGCTGTATTTCTTGCCTTTCCTTTCATGATAAATTAAAATATTTAATGTCTATATATGTAGACACAAACATATGTAAGGAAAAACTAATGTATAGCTAGGTGGAGTATTTTTCGACTTCAGTTACGTACAAGAAGTAGCTCTCAATAACCTAGTCTTTTTTTGAGTTGATTTACCATAATTAAAATATTTTGAATTTGAATTCTACAAAAATTTAGGCTGTGAGAATAGGATTTAAGGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021056
ATGATGACGCCTCTGCCTCTCTCTGTCAACACGCCCCTCCCCTCTCACTCTCACCACGGCCACGGCGCCTCTGCACACTTTCCCACCGCCCCCGCCCCCGCCTCTCCCTTTCCCACTCGCGGGTCGCGGCGGCTAACACCGGAGTTCCTTCGGCCTTTGCTCGACTCTGAGTCCGAGCTCCGGCGGTCCAGCAGTTCAGCAGTCTCAGCCACCGGTGCCTCCCTCTATCAACAAAGATCAGAAATTGTAATGGAGGAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806118.1
MMTPLPLSVNTPLPSHSHHGHGASAHFPTAPAPASPFPTRGSRRLTPEFLRPLLDSESELRRSSSSAVSATGASLYQQRSEIVMEETKEELKHIVLAKFKDGLSEQQIDEYIKEYANLVNLVPSLKAFRWGKDVGIGNKQQGFTHVFELSFESTQGIAEYISHPNHVDYANRVLPQLEKLISVDYKPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器