Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004178`

染色体: Chr04 坐标: 56374652-56376856 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004178`
名称	SmilChr04G004178
描述	inositol transporter 4-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56374652 - 56376856 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021064`
GeneID	`131021064`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021064`
原始查询	`SmilChr04G004178`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	inositol transporter 4-like
产物	inositol transporter 4-like
Arabidopsis	`AT4G16480` (INT4) inositol transporter 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827346] identity=70.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0511400` - identity=63.2; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005366 (myo-inositol:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF06609 (TRI12); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021064

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057806126.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806126.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806126.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806126.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806126.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56374860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr4:56375237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B10,B67,B80,C42
`Chr4:56375437`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr4:56375514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:56375619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B51,C51
`Chr4:56375622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr4:56375761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr4:56375762`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr4:56376502`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B109,B122,B124,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806126.1

581 aa

290

581

Sugar_tr

MFS_1

TRI12

Sugar_tr

PF00083 Sugar_tr 32-367 aa PF07690 MFS_1 37-366 aa PF06609 TRI12 85-231 aa PF00083 Sugar_tr 452-557 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806126.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	32	367	2.7e-119	399.7	Sugar (and other) transporter
`XP_057806126.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	37	366	3.5e-36	125.6	Major Facilitator Superfamily
`XP_057806126.1`	Pfam	`PF06609`	TRI12	Family	85	231	4.7e-07	29.4	Fungal trichothecene efflux pump (TRI12)
`XP_057806126.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	452	557	2.7e-119	399.7	Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950143.1
ATATAGCGTAAAAAATGGAAATGTATGGGCACGGTTGGTTTGATTCGCTATGTTTAAGTGGGAGTGTAGTATAAAACAGGGGGTGGTAGTGGTACAATACAACACAAAGCAAAATCAGCTGTTTCAGTGTACATACATAATAAGGTTATATTGCTGAGTGTGTGTAACAATAAAGACAAGATGGTCGAAGGGGGTGCAGTGACGGCTGCGGATAAGACAGAGTTTACAGAATGTTGGAGGACGACATGGAGAACACCTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021064
ATGGTCGAAGGGGGTGCAGTGACGGCTGCGGATAAGACAGAGTTTACAGAATGTTGGAGGACGACATGGAGAACACCTTATATCATGAGGCTGGCCTTGTCTGCCGGCCTTGGGGGTCTGCTCTTCGGTTATGACACAGGTGTTATTTCGGGTGCCCTTCTGTATATCCGGGAGGACTTCGAAGAGGTGGATAAGAAGACATGGCTGCAGGAAACCATAGTGAGCATGGCAGTTTTGGGGGCCATCTTCGGAGCAGCATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806126.1
MVEGGAVTAADKTEFTECWRTTWRTPYIMRLALSAGLGGLLFGYDTGVISGALLYIREDFEEVDKKTWLQETIVSMAVLGAIFGAACGGWMNDRWGRRVSIMVADVLFLVGAIVMAIAPAPWVIIIGRILVGLGVGMASMTAPLYISEASPHRIRGALVSTNGFLITGGQFLSYLINLAFTHAKSNWRWMLGVAGVPALIQLLLMLSLPESPRWLYVNGKENEARSILEKIYPAHEVEEEMEALRTSVEEEEENSLDGGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器