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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000015

染色体: Chr05 坐标: 64443-67862 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000015
名称SmilChr05G000015
描述protein sym-1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向64443 - 67862 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026502
GeneID131026502
locus_tag-
NCBI NameLOC131026502
原始查询SmilChr05G000015

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein sym-1-like
产物protein sym-1-like
ArabidopsisAT5G19750 (AT5G19750)
Peroxisomal membrane 22 kDa (Mpv17/PMP22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832095]
identity=70.1; qcov=0.625; evalue=2.43e-87; confidence=high
RiceOs11g0131200
-
identity=73.9; qcov=0.583; evalue=1.84e-87; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane)
KEGGsmil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04117 (Mpv17_PMP22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026502

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057812358.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057812358.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057812358.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812358.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812358.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:65080 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 86 A10,A13,A18,A22,A3,A5,B101,B106,B108,B109,B113,B114,B123,B127,B128,B130,B135,B136,B18,B22,B24,B26,B30,B33,B34,B42,B43,B47,B48,B50,B52,B53,B54,B55,B58,B60,B61,B62,B64,B66,B69,B71,B72,B78,B79,B8,B82,B83,B85,B88,B97,B99,C1,C13,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C27,C3,C30,C31,C33,C34,C37,C4,C44,C50,C51,C54,C56,C58,C62,C64,C66,C75,C76,C80,C84,D11,D2,D4,D6,D9
Chr5:65141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C86
Chr5:65340 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 13 A20,B117,B137,B138,B4,B44,B56,B65,B94,C28,C29,C57,D10
Chr5:65341 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 56 A10,A13,A15,A22,A3,B10,B108,B109,B127,B128,B130,B135,B136,B22,B26,B33,B43,B47,B52,B53,B56,B58,B60,B69,B72,B74,B78,B79,B8,B82,B83,B85,B9,B97,C11,C21,C22,C27,C3,C34,C37,C41,C44,C50,C51,C54,C56,C58,C64,C66,C76,C84,D11,D2,D6,D9
Chr5:65350 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B109,B128,B85,C4,C81,D2
Chr5:65354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C55
Chr5:65356 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B52
Chr5:65356 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B52
Chr5:65360 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr5:65360 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr5:65420 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B18,C17,C19,C31,C4,C62,D4
Chr5:65538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C12,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812358.1
283 aa
N
1
142
283
Mpv17_PMP22
C
PF04117 Mpv17_PMP22 214-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812358.1 Pfam PF04117 Mpv17_PMP22 Family 214 273 1.4e-20 73.8 Mpv17 / PMP22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956375.1
GCCAAACAAGACAAGACACTCCGGCCTTCAAAAGGCCAAATTTTGATTAGCAAAGCATTAAACAATTGAAAAGGGTGGAGACAAAATGATGTTGGCGAGGAATTCCCTCACCGGAAAATGCCACCTTCTGTTGCGATGGGCAGGTCGTTGTCGCACAACTACGGCGCAGTTGAGTTGGCGCAGCAAAATTCCAGTTGAGGGCAACCCAACTCACCTTCGTAGGAGCTTCGCAAGCAGCTATGGTAGACTATTTGGTCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026502
ATGATGTTGGCGAGGAATTCCCTCACCGGAAAATGCCACCTTCTGTTGCGATGGGCAGGTCGTTGTCGCACAACTACGGCGCAGTTGAGTTGGCGCAGCAAAATTCCAGTTGAGGGCAACCCAACTCACCTTCGTAGGAGCTTCGCAAGCAGCTATGGTAGACTATTTGGTCGTCAGGATTTGGGGTTTAAGCATTCGGGTCTTCTCTCTTTTCGGGTTTCTAGCGGCGGCGGCTCCGGTGGCAGAACTGGTGGAGGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812358.1
MMLARNSLTGKCHLLLRWAGRCRTTTAQLSWRSKIPVEGNPTHLRRSFASSYGRLFGRQDLGFKHSGLLSFRVSSGGGSGGRTGGGFGGSGNGGSGGGGGGAGGSNWSFLSWYMSLLAKYPVPTKAVTSAFLTLVGDLTCQLMIDQAPSLDLKRTSIFTLLGLVLVGPTLHFWYLSLSKLITTPGAYGVLSRLVLDQFLFAPVFIGIFLSTLVTLEGRPSDVIPKLQQEWFSSVVANWQLWIPFQFLNFRFVPQQFQVLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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