当前解析结果
SmilChr05G000015| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000015 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000015 |
| 描述 | protein sym-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 64443 - 67862 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026502 |
|---|---|
| GeneID | 131026502 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026502 |
| 原始查询 | SmilChr05G000015 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein sym-1-like |
| 产物 | protein sym-1-like |
| Arabidopsis | AT5G19750 (AT5G19750)Peroxisomal membrane 22 kDa (Mpv17/PMP22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832095] identity=70.1; qcov=0.625; evalue=2.43e-87; confidence=high |
| Rice | Os11g0131200- identity=73.9; qcov=0.583; evalue=1.84e-87; confidence=medium |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04117 (Mpv17_PMP22) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026502 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.80000 | XP_057812358.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.80000 | XP_057812358.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057812358.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812358.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812358.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:65080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 86 | A10,A13,A18,A22,A3,A5,B101,B106,B108,B109,B113,B114,B123,B127,B128,B130,B135,B136,B18,B22,B24,B26,B30,B33,B34,B42,B43,B47,B48,B50,B52,B53,B54,B55,B58,B60,B61,B62,B64,B66,B69,B71,B72,B78,B79,B8,B82,B83,B85,B88,B97,B99,C1,C13,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C27,C3,C30,C31,C33,C34,C37,C4,C44,C50,C51,C54,C56,C58,C62,C64,C66,C75,C76,C80,C84,D11,D2,D4,D6,D9 |
Chr5:65141 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C86 |
Chr5:65340 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 13 | A20,B117,B137,B138,B4,B44,B56,B65,B94,C28,C29,C57,D10 |
Chr5:65341 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 56 | A10,A13,A15,A22,A3,B10,B108,B109,B127,B128,B130,B135,B136,B22,B26,B33,B43,B47,B52,B53,B56,B58,B60,B69,B72,B74,B78,B79,B8,B82,B83,B85,B9,B97,C11,C21,C22,C27,C3,C34,C37,C41,C44,C50,C51,C54,C56,C58,C64,C66,C76,C84,D11,D2,D6,D9 |
Chr5:65350 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B109,B128,B85,C4,C81,D2 |
Chr5:65354 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C55 |
Chr5:65356 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B52 |
Chr5:65356 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr5:65360 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B52 |
Chr5:65360 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr5:65420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B18,C17,C19,C31,C4,C62,D4 |
Chr5:65538 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,C12,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812358.1PF04117
Mpv17_PMP22 214-273 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812358.1 |
Pfam | PF04117 |
Mpv17_PMP22 | Family | 214 | 273 | 1.4e-20 | 73.8 | Mpv17 / PMP22 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。