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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000019`

染色体: Chr05 坐标: 79981-83123 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000019`
名称	SmilChr05G000019
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RING1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	79981 - 83123 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026505`
GeneID	`131026505`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026505`
原始查询	`SmilChr05G000019`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RING1
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RING1
Arabidopsis	`AT3G19950` (AT3G19950) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821533] identity=45.5; qcov=0.902; evalue=1.71e-82; confidence=high
Rice	`Os10g0487400` - identity=43.4; qcov=0.951; evalue=2.61e-81; confidence=medium
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF14369 (Zn_ribbon_19); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026505

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057812362.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057812362.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057812362.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812362.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812362.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:81889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B58,C6,C77
`Chr5:81955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr5:82097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C15
`Chr5:82146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr5:82230`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B36,B82,B86
`Chr5:82234`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A3,B11,B110,B28,B50,B57,B76,C17,C48,C77,D4
`Chr5:82236`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A3,B11,B110,B28,B50,B57,B76,C17,C48,C77,C83,D4
`Chr5:82265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:82270`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	26	A1,A21,A22,A3,B11,B110,B111,B22,B28,B50,B53,B57,B76,B85,B89,C17,C3,C48,C52,C56,C64,C77,C87,D11,D4,D8
`Chr5:82290`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	29	A1,A21,A22,A3,B11,B110,B111,B131,B22,B28,B47,B50,B53,B57,B76,B85,B89,C17,C3,C46,C48,C52,C56,C64,C77,C78,D11,D4,D8
`Chr5:82316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C79
`Chr5:82333`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	A21,B110,B111,B35,C46,C63,C64,C83,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812362.1

368 aa

184

368

Zn_ribbon_19

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF14369 Zn_ribbon_19 19-53 aa PF17123 zf-RING_11 216-244 aa PF13923 zf-C3HC4_2 216-257 aa PF13639 zf-RING_2 216-258 aa PF00097 zf-C3HC4 217-257 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812362.1`	Pfam	`PF14369`	Zn_ribbon_19	Domain	19	53	7.2e-12	46.0	zinc-ribbon
`XP_057812362.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	216	244	1.3e-07	31.9	RING-like zinc finger
`XP_057812362.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	216	257	1.3e-09	38.4	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057812362.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	216	258	3.5e-13	50.3	Ring finger domain
`XP_057812362.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	217	257	4.4e-06	27.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956379.1
GGGGCATAAATAGTTTAAAACACGACTTTATTTGGCAGTTTAATTAAAATTTAGCAAAGCGGAGAATCATTTCATTTCCCCATCGCCTATTATCCACACGTTTTCTCAAACCGTATTTCTTTGCACATTTCTCTACTGAATATTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGATCATGTCTACGGCGGGAAATTTGGGCGGCGGGCATGGCGGCGGCGCAGCCGCACACCAGTACTTCTGCTACCAATGCGACCGCCACGTCACCATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026505
ATGTCTACGGCGGGAAATTTGGGCGGCGGGCATGGCGGCGGCGCAGCCGCACACCAGTACTTCTGCTACCAATGCGACCGCCACGTCACCATCACTCCTCCATCCTCCCCCACCGATGAACTCGCTTGCCCCATTTGTCACGGCAGTTTTCTAGAAGAATCCGACACCGCCCCTCCCTCAAACCCTACCCTAGAATCCGATCCCTTCTTCAACGCCGCCTTCCCCGGCTTCGGAGGCCTCCCCCTCATCTTCTCGTCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812362.1
MSTAGNLGGGHGGGAAAHQYFCYQCDRHVTITPPSSPTDELACPICHGSFLEESDTAPPSNPTLESDPFFNAAFPGFGGLPLIFSSSSAAPTSFTISSGGAGGAAGGGLDDLSSLFGTRSPNDFNPFAFLNNYVNNLQARGANIQLVFESPGGGGIGGGGGNLGDYFIGPGLEQLIQQLSENDPNRYGTPPASKNAVEGLPDINITEEMLSSDSSQCAVCKDSFELNEEAKQMPCKHIYHRDCILPWLELHNSCPVCRYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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