Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000020`

染色体: Chr05 坐标: 84163-84805 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000020`
名称	SmilChr05G000020
描述	sufE-like protein 1, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	84163 - 84805 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026507`
GeneID	`131026507`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026507`
原始查询	`SmilChr05G000020`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sufE-like protein 1, chloroplastic/mitochondrial
产物	sufE-like protein 1%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT4G26500` (CPSUFE) chloroplast sulfur E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828756] identity=67.4; qcov=0.876; evalue=6.81e-37; confidence=medium
Rice	`Os03g0219500` (OsISC4) - identity=62.1; qcov=0.981; evalue=5.4e-44; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01722 (BolA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057812364.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057812364.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812364.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812364.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812364.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:84278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,D2,D4
`Chr5:84306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:84310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B74,B84,C25,C4
`Chr5:84313`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B74,B75,B84
`Chr5:84314`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C52
`Chr5:84315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,B84
`Chr5:84323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,B84
`Chr5:84342`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B72
`Chr5:84350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr5:84372`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	17	A3,B111,B18,B21,B35,B43,B67,B69,B70,B95,B99,C13,C29,C39,C47,C59,C66
`Chr5:84558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr5:84560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812364.1

105 aa

105

BolA

PF01722 BolA 17-98 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812364.1`	Pfam	`PF01722`	BolA	Family	17	98	5.9e-32	110.5	BolA-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956381.1
AAAATTTAGAAGAAAAAAAAATATTTATTTAAAGCACAATTACCCCTAAATATAATAGCGTGAAGTAAATCACAAGTGCCTTAGACAGTGAAATGGCGTCGCGAGTGGCGATATCGAGGGCGAGTCGGATCAAGACGAAGCTCGAAACGGCGCTGCAAGCCGCCGTTTTGGAGGTGGAGGACGTCTCCCACCAGCACGCCGGCCACGCCGCCGTCAGAGAAATGGGAGGCGGCGCGCAGGAGACTCATTTTAATGTGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026507
ATGGCGTCGCGAGTGGCGATATCGAGGGCGAGTCGGATCAAGACGAAGCTCGAAACGGCGCTGCAAGCCGCCGTTTTGGAGGTGGAGGACGTCTCCCACCAGCACGCCGGCCACGCCGCCGTCAGAGAAATGGGAGGCGGCGCGCAGGAGACTCATTTTAATGTGCGAATCGTCTCCGCCCAATTCCAGGGCCAAAACCTAGTCAAACGACACCGTATGGTCTACGAACTCCTCTCCGACGAGCTCCAATCCGGTTTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812364.1
MASRVAISRASRIKTKLETALQAAVLEVEDVSHQHAGHAAVREMGGGAQETHFNVRIVSAQFQGQNLVKRHRMVYELLSDELQSGLHALSITAKTPKEAGVDDEA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器