Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000026`

染色体: Chr05 坐标: 133294-136686 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000026`
名称	SmilChr05G000026
描述	disease resistance protein RPP8-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	133294 - 136686 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026514`
GeneID	`131026514`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026514`
原始查询	`SmilChr05G000026`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	disease resistance protein RPP8-like
产物	disease resistance protein RPP8-like
Arabidopsis	`AT5G43470` (RPP8) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367] identity=25.2; qcov=0.975; evalue=1.09e-42; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=27.6; qcov=0.627; evalue=2.01e-36; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026514

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057812372.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057812372.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057812372.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812372.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812372.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:133458`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	63	A1,A11,A2,A21,A6,B1,B101,B102,B105,B108,B110,B111,B115,B119,B121,B124,B129,B137,B16,B17,B2,B21,B23,B26,B40,B42,B43,B44,B46,B48,B49,B5,B56,B6,B63,B7,B77,B81,B88,B89,B90,B92,B95,B96,C12,C14,C20,C23,C24,C26,C31,C32,C39,C41,C45,C47,C64,C66,C67,C68,C73,C84,D7
`Chr5:133511`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,C86,D3
`Chr5:133528`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B111,B137
`Chr5:133528`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B111,B137
`Chr5:133632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B99
`Chr5:133647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B131,B99
`Chr5:133648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B28,C32,C68
`Chr5:133661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B85,B91
`Chr5:133679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B131,B99
`Chr5:133683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B131,B47,B99
`Chr5:133691`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C23
`Chr5:133691`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812372.1

917 aa

458

917

NB-ARC

LRR_14

PF00931 NB-ARC 212-375 aa PF23598 LRR_14 606-871 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812372.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	212	375	3e-26	92.7	NB-ARC domain
`XP_057812372.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	606	871	1.4e-11	44.5	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956389.1
AATATCTGTAATCAATGATGTGCACATGGCCTCAATGTGGAGGCATGTGACTACTGGATCAGTAGAATTTAAAAATAATATAGCAGCGGAGTATATGGCGTTGATGGTGGTTTCATCAATGAATGCATGTGTAGTAACCACTCTCATTTTCTAACAATTGCACCTTCAAAATCCTTATCCTTCCTCCCACCACCTACTGCCGTTGCCATTTCCTCCCGCTTCACACCAAAAACTCTGCCCATCTATTTTGCCGTTGATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026514
ATGTGTAGTAACCACTCTCATTTTCTAACAATTGCACCTTCAAAATCCTTATCCTTCCTCCCACCACCTACTGCCGTTGCCATTTCCTCCCGCTTCACACCAAAAACTCTGCCCATCTATTTTGCCGTTGATAACTCATATTTCAATCAAGTGATGGCGGCTTATGGTGCAGCCAATTCTCTCAAGACTACGATTCACCGTATTCTACACTCGTCTCGCATTTCCCTCGTTTCCCACTCTCCACAAATCTTACAACCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812372.1
MCSNHSHFLTIAPSKSLSFLPPPTAVAISSRFTPKTLPIYFAVDNSYFNQVMAAYGAANSLKTTIHRILHSSRISLVSHSPQILQPAYDEMDRLQKVLLKLDDTSCSKIRTKVNAVDERIKEVVWEFEDLLESHILPQILPQLESERDHLSFSVDLQWLQHSVDCFVEKMKMMEEEYTDEMENMAEEEGGPISSRIDSGGTIKSKMVGLSHQFEKAKDYLLQENDHETYLIIGMAGVGKTTLAKHIFEDPSIRSHFEFRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器