Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000035`

染色体: Chr05 坐标: 163018-164922 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000035`
名称	SmilChr05G000035
描述	succinate dehydrogenase subunit 4, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	163018 - 164922 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026521`
GeneID	`131026521`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026521`
原始查询	`SmilChr05G000035`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述	succinate dehydrogenase subunit 4, mitochondrial
产物	succinate dehydrogenase subunit 4%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT2G46505` (SDH4) succinate dehydrogenase subunit 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819261] identity=39.5; qcov=0.844; evalue=6e-15; confidence=low
Rice	`Os01g0935900` (SDH4) - identity=30.3; qcov=0.702; evalue=9.89e-09; confidence=low
GO	GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0005749 (GO:0005749); GO:0006099 (tricarboxylic acid cycle); GO:0006121 (mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone)
KEGG	smil00020 (Citrate cycle (TCA cycle) - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057812384.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057812384.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057812384.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812384.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812384.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:163331`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr5:163436`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr5:164476`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,C75,C9
`Chr5:164505`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr5:164531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956401.1
GATTATTATTGTTTTTATCAAACACATATTTTTTTATTAGGAATTTTTTTTTGTAATTAATATGGAGTAATTATCTGGCTTCATTGAAGAACGAACCCTAATCAGGTGGATCTACTCCGATTTAAGATTTTTGAGCGACGAAGATGGCAACTTCTAGAAGCGCATCAGCGGCGGTTCGGCTGAGCAGATCGGCTGCATCAGCTTTCCGGGCGTCCGGCGCCGGCCACACTCCATCCGCCGCCCGCCAATTGATCCGCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026521
ATGGCAACTTCTAGAAGCGCATCAGCGGCGGTTCGGCTGAGCAGATCGGCTGCATCAGCTTTCCGGGCGTCCGGCGCCGGCCACACTCCATCCGCCGCCCGCCAATTGATCCGCTCCGATCTCGCCGCTCCTATCGCGCGACCCCGTGCCCTAATGTCCCCCGGTGGCAGCAACATCTCTTCTTCAACTCTCTTCTCTGCGTCGTGCCTCAACCGCGTAGCATCCCGCCCCTACTCTAACTCTTCTTCGCAGATCCCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812384.1
MATSRSASAAVRLSRSAASAFRASGAGHTPSAARQLIRSDLAAPIARPRALMSPGGSNISSSTLFSASCLNRVASRPYSNSSSQIPGTRAIRSVLWHINGGMEEVLADYVHHEMTRTWISICLRLFVIIMTKDVVVAVADL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器